▼NCBIのHPで、Webベースで動かすことのできる「WWW BLAST」というプログラムを発見！
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/server/current_release/
こいつを入れれば、WebインターフェイスからのBLAST検索も可能だ（要Apache）。気が向いたら、インストール方法などを公開したいと思う。

▼PlayStation 2でスーパーコンピュータ構築。米イリノイ大学のNational Center for Supercomputing Applications（NCSA）において、PS2を70台つないだLinuxシステムを構築。世界のスーパーコンピュータ上位500台にランク入りできる性能らしい･･･近頃のゲーム機は性能が良いなぁ。ラックにPS2が70台並んだ姿も、すごい！！

「ご朱印館」神奈川県のページの基礎データ入力完了！

　会社のLinuxサーバを使って、ローカルでBLASTサーバを構築してみた。BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)とは、DNAやタンパク質などの配列をホモロジー検索する、一連のプログラムのこと。例えば、実験で遺伝子配列を読んだ時に、その配列情報をデータベース検索することで、既知の遺伝子かどうか、また、既知の遺伝子ならば何の遺伝子であるのかを知ることが出来る。

　BLASTの検索サービスは、NCBI(米国立医学図書館)のホームページから簡単に利用できるので、こっちを利用している方も多いと思う。しかし、BLASTのプログラムはFTPで公開されているので、ローカルにデータベースを作ってプログラムを動かすことも可能なのだ。

　インストールは、いたって簡単。まず、Linuxサーバを用意。NCBIのFTPサーバからlinux用の圧縮ファイル
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast.linux.tar.gz
を落としてくる。このファイルを解凍すると、一連の実行プログラムがblastディレクトリに出来るので、そのディレクトリにpathを通すだけ。（言っている意味のわからない方は、Linuxの使い方から勉強してね）

　このままでは、データベースは空っぽなので、塩基配列の情報をデータベースに格納しなければならない。一般的なのは、FASTA形式と呼ばれるフォーマットだ。例えば、先月発表されたヒトゲノムの全配列を落としてみよう。NCBIのFTPサイト
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/April_14_2003/
に、各染色体ごとに分けた配列情報が置いてある。（ちょっとサイズが大きいので、ダウンロードに時間がかかるけど･･･）

　この後、formatdbというコマンドで、データベースを作る。検索は、blastallというコマンドで行う。コマンドの使用方法については、付属のREADMEに書いてある。もしくは、下記のHPを参照のこと。

http://www.molbiol.ox.ac.uk/databases/dbsearching/formatdb.htm

　もっとも、このままではコマンドラインからしか使えないので、Webから検索できるようにするには、apacheを入れて、検索用のcgiを用意しなきゃならない。あまり実用性が無いけどねぇ〜（笑）

▼モナーはFlashに乗って海を渡る。「２ちゃんねる」におけるAA（アスキーアート）は、多くの人の手を経て、非常に水準の高いものに成長した。もはや、一種の芸術と言っても良いかもしれない。これは、日本語がアルファベットだけではなく、漢字、平仮名、カタカナなど、多くの2バイト文字を含んでいるため、豊かな表現が可能になったからだと考えられる。しかし、残念ながら2バイト文字を含むようなAAは、日本語の表示環境を持ったパソコンからでしか、見ることが出来なかった。ところが、最近のFlashムービーの普及によって、2バイト文字を含むAAキャラクターも海外から見ることが出来るようになり、ウェブロガーたちの間で話題になっているようだ。なんと、日本製Flashムービーを紹介するページまで･･･。

▼国産ヒトＥＳ細胞が完成、京大研究所で第１号。あらゆる臓器や組織に分化できるため「万能細胞」とも呼ばれるES細胞の国産化に、「京都大学再生医科学研究所　附属幹細胞医学研究センター」の研究チームが成功した。ES細胞は、再生医学の分野で注目を浴びているが、受精卵から作り出すため、倫理的な問題も多い。

▼もしものためにＤＮＡ保存、名古屋の歯科医が企業向けサービス。社員が不慮の事故で死亡した場合に、DNA鑑定で身元を確認できる新サービス。でも、血のつながりのある家族からのDNAでも、ある程度の高い確立で推定可能だけどねぇ。

テンプレートのデザインをちょっとだけ変更。
Sitemapが小さくてわかりにくかったので、大きくしてみた。

▼ここ最近、バイオインフォマティクス関係の仕事が急に増えてきた。バイオインフォマティクスとは、「Bio+Infomatics」の名前のとおり、生物学と情報科学を融合させた、比較的、新しい学問分野である。近年の解析技術の急激な進歩により、遺伝子配列やタンパク質などの生体分子の情報量は、指数関数的に増加している。そこで、これらの膨大な生物情報から欲しい情報を効率よく扱うため、色々な情報技術が生物学の分野にも応用されるようになった。完成まで何百年もかかるだろうと言われていた「ヒトゲノム解析」が、ここまでスピードアップしたのも、情報技術に負うところが大きい。

▼しかし、まだ新しい分野であるため、ほとんど手探りの状態なのだ。関連するデータベースやツール類がいっぱいあって、どれを使えば欲しい情報を手にいれることが出来るかは、それこそ、実際に自分で試行錯誤してやってみないとわからない。一方で、こうした混沌とした状態が、また面白くもあったりするのだ･･･マジで研究に没頭して寝食を忘れそうだよ･･･。

ご朱印のページを作ってみた。

とりあえず、全てのコレクションをスキャナで取り込み、県ごとにまとめてみる。
うーむ、これだけ数があると、取り込むだけでも一苦労だなぁ･･･。
今後は、少しずつ情報やコメントを追加してゆく予定。

この機会に、「ご朱印友の会」へも入会いたしました！

　先週購入したクレマチスのポット苗を新しい鉢に植え替える作業を行った。近所で植木鉢を探して歩いたのだが、なかなか見つからなかった。そこでとった苦肉の策がコレ。

　近所の100円ショップで見つけた、小さなブリキのバケツ。
　しかし、底に穴がないため、このままでは通気性や水はけが悪い。
　そこで、強引に･･･

　バケツの底に、穴をあけてみた！！いざ、この穴あきバケツへ･･･

　通販で購入した園芸用の土「花ごころ培養土」を入れて、ポット苗を植える。

　作業終了。水をたっぷりやる。
　早く大きくなぁ〜れぇ〜♪

ついにスキャナー購入。機種は、CanoScan 5000。
市内の石○電気で12,800円也。
いや、以前から「ご朱印」のコレクションを電子化したいという欲求がございまして･･･近日中に専用のページ開設を予定。
とりあえず、記念に一枚だけアプ！

▼「ハッカーの甲子園」でサーバー侵入の腕くらべ　経産省。優勝者は米カーネギーメロン大やダートマス大に留学させる計画だという。留学させちゃったら、頭脳流出になるんじゃないのか？

▼『宇宙からの物体SARS』、新説発表へ。「ＳＡＲＳウイルスが新種で、中国に前触れもなく出現した」ことが根拠だとか･･･って、それは状況証拠だよなぁ〜。

▼「宇宙航空研究開発機構」の英語略称は「JAXA」新機構の英語名称は「Japan Aerospace Exploration Agency」、略称は「JAXA（ジャクサ）」と決定。宇宙科学研究所＋航空宇宙技術研究所＋宇宙開発事業団＝宇宙航空研究開発機構とは、また安易な名づけ方を･･･。ちなみに、新卒職員募集中らすぃ。

▼社民党の福島瑞穂幹事長、民主の「右旋回」に懸念。民主党も、ようやく「責任ある政党」として歩みつつある。消えゆく無責任政党とは、違うな（笑）

▼なんかここ最近、「小倉」「カツラ」「動画」の三つのキーワードでググって来訪される方が多いみたいだけど、どうしても「小倉キャスターカツラ疑惑動画」が見たいという方は、過去ログでも漁ってくらさいね(￣ー￣)ﾆﾔﾘ

▼以下、筑波実験植物園で撮影した写真の整理でつ。

ハマナシ(ハマナス) バラ科
学名：Rosa rugosa
　ハマナシ（浜梨）の東北訛りでハマナスとなったという説と、赤い実がトマト(赤茄子)に似ているので、ハマナス(浜茄子)と名づけられたとする説があるそうな。

サラサドウダン ツツジ科
学名：Enkianthus campanutas
　地味だけど、まるで葡萄の房のような瑞々しい花が美しい。花の形状はドウダンツツジに似ているが、先のほうがほんのり赤みを帯びている。

シラン ラン科
学名：Bletilla striata
　これからが見頃ですね。

アザミ キク科
　日本には、キク科アザミ属の植物は、約60種あるといわれている。
　これの種まではわかりませんでした。

▼朝日新聞が、致被害者の曽我ひとみさんの北朝鮮にいる家族の住所を掲載した問題で、「無断でメモ」したことを認め、18日の紙面に謝罪記事を掲載した。しかし、朝日が発表した社内調査の結果は、とうてい納得できる代物ではなく、次の点を明らかにするように社長あてに文書を送った。

（１）住所を盗み見した記者の氏名と、同記者が朝鮮語を解読できるのかどうか
（２）住所を原稿に書いたのは同記者としているが朝鮮語の翻訳を手伝った社内の人間がいたのか
（３）同記者が曽我さんの同意を得ずに住所を原稿に書いた理由
（４）原稿をチェックした新潟支局や東京本社のデスクの氏名
（５）チェック者が、住所掲載について曽我さんの同意を得たか確認したのか
（６）抗議を受けるまで、住所掲載が重大な人権侵害と気づかなかった理由
（７）今後、再発させないための社内処分など具体的方策

どうやら、取材先で住所を盗み読みした住所は「ハングル文字」で書かれていたらしいのだ。つまり、記者がある程度ハングルを理解する素養があったのか、もしくは取材記者が書き写したハングルを、社内の者か第三者が翻訳したと思われる。北朝鮮は、「救う会」を崩壊させようと、あの手この手で揺さぶりをかけているが、まるでその動きに呼応するかのように策動する輩が国内に少なからずいるようだ。

▼米マイクロソフト、SCOからUnixの特許とソースコードをライセンス取得。マイクロスフとは、UNIX向けのパッケージソフトや、MS-UNIXでも作るつもりでいるのだろうか？

▼TRON坂村教授、IPA基調講演でほえる。情報処理振興事業協会（IPA）主催の「IPA Spring2003」で、東京大学教授の坂村健氏が「どこでもコンピュータ論」を展開。

▼ロボカップジャパンオープン2003観戦記。動画付きで、見所を紹介。

▼ユーロ紙幣に日立製ICチップ。日立製作所が開発した、世界最小の非接触ICチップ「ミューチップ」を採用する方向で、交渉が進んでいるらしい。このICチップ、こんなにちっこいです！！

▼筑波実験植物園(茨城県つくば市)で「クレマチス展」が開催中(会期：5/10〜6/8)。さっそく日曜日に、デジタルカメラを持って撮影してまいりましたので、紹介します。（撮影機材は、Canon G3を使用）

▼クレマチス(Clematis)はキンポウゲ科クレマチス属の植物であり、ギリシア語のKlema（蔓、巻きひげ）が学名の語源となっている。つる性の植物であり、支柱などに絡みつきながら生育する。原種は世界各地に分布しており、日本でも25種が自生しているらしい。なんといっても、多種多様な花が魅力的な植物であり、古くから園芸用として人々に栽培されてきた。イギリスでは、クレマチスは「バラに次ぐ花」「蔓性植物の女王」として、ガーデニングに欠かせない植物となっている。
　・金子明人著「クレマチスとつる性の植物」(主婦の友社)
　・Clematis Garden

▼クレマチス展の会場では、色々な種類のクレマチスが競うように咲いていた。「これが、本当に同じ種類の植物なのか？」と思うほどに色や花の形状がバラエティーに富んでおり、まるでバラの花のような八重咲きの品種もあった。愛好家が多いのも、うなずける。ちなみに、花弁のように見える部分は、植物学的にはガク片が弁化して色がついたものだ。

▼帰りがけに、付設のショップでクレマチスの幼苗を衝動買いしてしまった･･･うまく育てられるだろうか？

(下の写真クリックすると、大きな写真が開きます)

▼先週、「文部科学省ITプログラム〜戦略的基盤ソフトウェアの開発」というプロジェクトの第5回ワークショップを見てきた。これは、官学産、すなわち「文部科学省」「東京大学生産技術研究所」「アドバンスソフト（株）」が連携し、5ヵ年計画で科学技術計算用ソフトウェアを開発することを目的としたプロジェクトだ。現在、科学計算用プログラムの多くは、海外の研究チームやメーカーによるものがスタンダードとなっている。この現状を打破すべく、国産のプログラムを開発し、さらにはそうした人材を育成することを目指しているらしい。開発分野は全部で6つの領域に分かれているが、今回のワークショップでは、「タンパク質・化学物質相互作用解析」の話がメインであった。

▼そんなわけで、駒場の東大・生産研へ行ってきたが･･･す、すばらしい建物だ！この建物は、京都駅の新駅舎を設計した、原広司・東京大学生産技術研究所教授によるものらしい。たしかに、見た目はでかくてスバラシイ建物なのだが･･･あまり使用者の利便性を考えてないような･･･。おまけに、トイレがメチャクチャ狭い（笑）そーいえば、京都駅の駅ビルも無駄にデカイよなぁ〜（ｗ

▼建造物への第一印象はともかく、ワークショップの内容は面白かったです。タンパク質と低分子化合物の相互作用をコンピュータ上（in silico）で解析し、医薬品となりそうな化合物を見つけてくるといったことが、将来的には可能になるかもしれない。しかし、まだちょっと、要求される時間とコストが多すぎて、実用にはもう少し時間がかかるかもしれない。だって、計算するより実験してしまった方が早いし、お金もかからないからねぇ〜。

▼「オークション至上最大！？」IBMメインフレーム、ヤフオクへ出品へ。このほど、IBM製のメインフレーム「S/390」がヤフオクに出品された。17日10:40現在、18,000円が最高入札額となっており、破格の値段でメインフレームが手に入るかも？しかし、これを動かすにはマシンを置くためのスペースと3相200Vの電源が必要だなぁ〜。ってーか、その前に床が抜けるよ（笑）Q&Aのやり取りも、面白いっす。

▼本物の拳銃をネット販売・所持の疑いで会社員逮捕。こっちは、ホンモノの拳銃をネットオークションで売ろうとした男が逮捕。なんでも売ってるんだなぁ（ｗ

▼世にも奇妙なＤＶＤ（HUJI AIRE）高機能・超絶DVDプレーヤーの紹介ページ。
(いやん男爵さんのHPより)激しく(　ﾟдﾟ)ホスィ…

▼入社後、生物系の研究グループに配属されたが、半年以上も化学合成系の実験をしていた。先日、ようやく元の分子生物系の研究グループへ戻ってくることができた。で、久々に実験を始めたのだが、全く調子が出ない(泣)　cDNAから解析したい遺伝子をPCRで増幅する実験をしたのだが、全然増えてないし･･･

▼曽我さん「朝日記者が無断で夫の住所記事化」と抗議文。朝日新聞の記者が町役場のファイルを盗み見て、曽我さんの夫の住所を夕刊記事に掲載していたことがわかった。以前にも、朝日新聞は週刊朝日で本人の承諾が無いのに地村さんのインタビュー記事を掲載し、謝罪すると言う事件があったが、全く懲りていないのか？ホント、どーしようも無いな、この新聞社は・・・。

▼で、ウェブ上では件の記事は、こんなのに差し替えられている。「当初の記事には差出人の住所を記載していましたが、曽我さんへの配慮を欠くことから削除してあります。」だって。朝日新聞のサイトは、頻繁に何事も無かったかのようにウェブサイトの記事をこっそり差し替えてしまうことで有名だが、もうこうなったら笑うしかない。

▼白装束集団、一斉捜索へ。「パナウェーブ研究所」の関連施設が、電磁的公正証書原本不実記録の疑いで一斉捜査を受けた。そんな中、フジテレビが千乃裕子会長の単独インタビューに成功。前身にガンを患っているわりには、いたって元気そうだ。「『互角に戦え』といわれたら戦いますよ。オウム真理教みたいに戦いますよ」という、過激な発言も･･･。

▼さて、オイラは明日は「文部省ITプログラム〜戦略的基盤ソフトウェアの開発〜第5回ワークショップ」（東京大学生産技術研究所）に、参加してきまつ。

▼会社のイントラネット用ホームページ(おそらく前任者が作成)がダサダサだったので、勝手に自分好みのデザインに変えてしまった。ついでに、掲示板のCGIを改造して、「お知らせ」(更新履歴)をフォームから簡単に更新できるようにしてみた。さらに、バグの多かった研究所の「会議室予約システム」(某IT企業のSEが作成したらしい)も、使いやすいものに差し替えた。最初は自力でCGIスクリプトを書こうと思ったが、フリーのCGIで使いやすそうなもの（簡易予約システム "YoYacker"）を発見したので、これにちょいと手を加えて運用することにした。なかなか(・∀・)ｲｲ!!!

▼ちょっと信じられないかもしれませんが、金星の宇宙人が、タマちゃんをＵＦＯで救出されたそうです。と、「パナウェーブ研究所」最高幹部が語る。勝手に捕獲するのは、法律に違反するぞ！＞金星人

▼『我輩はサルである』は可能か？無数のサルに無数のタイプライターを与えれば、いつかはシェークスピアのような作品が生まれるはずだという説がある。では、6匹のサルに1ヵ月間、1台のコンピューターを与えるとどうなるかという実験を、イギリス・プリマス大学の研究者が行ったところ、1語も単語を生み出せなかったと言う。サルといえども、ただランダムにキーを押すだけではなく、「もっと複雑な生き物」であることが判明した。

▼ここ数日、連続して友人と飲みに行った為、ちょっち更新が滞りました。スマソ。
久々に、最近のニュースより。

▼小中学生学力テストの正答率低下、原因は不明。首をひねるまでもなく、そりゃ「ゆとり教育の成果」だろと、小一時間（ry

▼ご飯１杯で糖尿病治療…遺伝子組み換えで開発。遺伝子組み替え食品は、まだネガティブなイメージが消費者の間に根強いが、こうした「消費者にとって利益になる」ような組換え食品が出てくるようになれば、イメージの改善になるだろう。

▼Hotmailに最大のセキュリティーホール。特定のアドレスに、ある文字列を送信すると、Hotmailのパスワードが第三者に見られてしまうという不具合が発見された。オイラもHotmail利用してるけど、こりゃヤバイですな。

▼さて、白装束集団について。既にマスコミの報道で明らかになっているように、「パナウエーブ研究所」と名乗る「謎の白装束集団」は、「千乃正法」と呼ばれる宗教団体(法人としては未認可の任意団体)と関係のあることがかかってきた。マスコミでは、「千乃正法」については表面的な報道しかされていないので、ここではもう少し掘り下げてみたい。

▼「千乃正法」を主宰する千乃裕子氏は、故高橋信次氏が創設した「GLA」という宗教団体の幹部であったらしい。高橋信次は、1927年に信州の貧農の家に生また宗教家で、霊感を受けて1969年に「神理の会」という任意団体を設立する。その後、「大宇宙神光会」、「GLA」(God Light Associationの略)と名称を変え、1973年に宗教法人の認可が下りている。

▼「GLA」は、「この世（３次元の世界）は、より高次元の“あの世”（４次元の世界）の投影である」という、独特の教義を持っている。また、高橋氏の講演会では、高橋氏が突然「宇宙語」で話し出したり、それに感化された観客まで「宇宙語」を話し出したりするなど、派手なパフォーマンスにより、多くの信者を集め、今なお1万人以上の信徒数を誇っている。また、その後の多くの新興宗教に影響を与え、「幸福の科学」を主宰する大川隆法氏も元GLA信者であったことは有名だ。（大川隆法氏は、「高橋信次霊言集」という本も出している）
・GLA総合本部(新興宗教を考察するページ)
・GLA

▼ところが、高橋氏は1976年に48歳と言う若さで他界してしまう。どうやら、このときに教団内部で勢力争いが生じたようだ。当時、まだ大学生であった娘の高橋桂子氏がGLAの新しい教祖「ミカエル桂子」として、高橋信次氏の後を継いだ。一方で、GLA幹部であり、自身も強い霊感を持っていた千乃氏と一部の信者が、この時にGLA教団の乗っ取りを謀ったらしい結局、教団の乗っ取りは失敗したが、千乃氏本人も「ミカエル大天使」を名乗って、一部のGLA信者が千乃氏側へ流れて、「千乃正法」という宗教団体が誕生した。こうして、同時に「二人のミカエル大天使」が登場したのだ。ちなみに、「千乃正法」の教義は、GLAのものをそのまま受け継いでいるようだ。

▼白装束集団と言えば「スカラー波」であるが、もともと「GLA」の教義はもちろん、それを受け継ぐ「千乃正法」の教義にも「スカラー波」は存在しないらしい。どうやら、比較的最近になって、千乃氏が言い始めたことであるようだ。

本日は、会社の新歓のため酩酊中。久々の日本酒が効いた・・・。
明日こそは、更新します。スマソ。

▼最近、更新をサボってるのに、1000HITだよ！｡･ﾟ･(ﾉ∀`)･ﾟ･｡アリガトー

▼ところで、科学以外の僕のライフワークの一つに、疑似科学・カルト宗教ウォッチングというものがある。というのも、我が父が軽度の「ビリバー」(信じやすい人)だったからだ。

▼僕の実家には、父の集めた新興宗教や疑似科学関係の本が、科学書と一緒に本棚に並んでいる。物置などに死蔵されているものもあるため、まだ全貌を見たことは無いが、あらゆる新興宗教の関連本を収集した膨大なライブラリーだ。（どうやら「付き合い」で購入した分もあるようだが･･･）

▼実を言うと、カルトを信じやすい人には善良な人が多い。ただ、普通の人よりも純粋なところがあって、他人の話を信じ易いのだ。一言で言ってしまえば、「お人よし」ということか。幸いにも、我が家の場合は母が徹底した現実主義者であったため、父の暴走を食い止めることができた。世の中、良く出来ているものだ。

▼そんなわけで、ビリバーな父に対して科学的な立場から論理的に対抗する必要性があったため、こうした疑似科学やカルト宗教に興味を持つに至った。もっとも、信仰の自由は憲法で保障された権利であり、個人の心情に対して異議を唱えるつもりは毛頭無い。しかし、あまりに「反社会的なカルト教団」や、「悪徳な意図を持った疑似科学」は、民主主義を脅かす存在であり、厳しく糾弾されるべきであろう。

▼で、前置きが長くなったけど、例の「謎の白装束集団」だが･･･(次回に続く)