tetraの外部記憶箱

最新 追記
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2005-09-02

_ [log] 自宅サーバ復活

サーバーのおひっこし完了。

_ [bio] RNA新大陸

理研プレスリリース
http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2005/050902/

今朝のNHKニュースでも取り上げられてたなぁー。

_ [bio] FANTOM3

FANTOM3 related papers

The transcriptional landscape of the mammalian genome, Science, 309:1559-1563, 2005.

Antisense transcription in the mammalian transcriptome, Science, 309:1564-1566, 2005.


2005-09-07

_ [news] 結局、論博は無くならないらしい。

課程博士オンリーにしても、社会人からの入学者はあまり増えそうにないので、「短期コース」を設けるという事だろうか。結局のところ、日本の大学のドクターコースは、うまく機能していない様子。


2005-09-08

_ [Mac] iPod nano 登場

画像の説明

iPodの機能はそのままに、記憶容量とサイズを小さくした製品。解像度は低いが、カラー液晶で写真閲覧もできるらしい。どうやら、iPod miniの後継という位置づけらしく、Apple StoreからiPod miniへのリンクは消滅した模様。


2005-09-10

_ [bio][books] コンピュータシミュレーションの基礎

コンピュータシミュレーションの基礎

なんか同じ研究室の人たちが、こっち系の人ばかりだったので。とりあえず基礎の基礎から。

_ [IT][books] 戦うコンピュータ―軍事分野で進行中のIT革命とRMA

戦うコンピュータ

ここでの「戦う」は比喩なんかじゃなくて、文字通り戦争の事。軍事分野におけるIT革命をとりあつかっている。イギリス海軍の原子力潜水艦も“インテル入ってる”らしい。

_ [memo] 綿貫民輔が郵政民営化に反対する理由

本人が社長・会長を歴任し、現在、長男が社長をしている「トナミ運輸株式会社」が、実は郵政公社の下請けだったりする。

トナミ運輸の「ふるさと特急便」をゆうパックで取扱い

トナミ運輸株式会社 会社概要

水戸黄門とゆーより、悪代官役がお似合いですわな。

綿貫民輔が郵政民営化に反対する理由

2005-09-12

_ [news] 当たらないもの。天気予報、宝くじ、森田実

政治評論家の森田実氏は、選挙のたびに自民惨敗を予言されていらっしゃいますが、ことごとく予想がお外れになっていらっしゃいますね。巷では、「森田の法則」(森田実の政治評論(予測)は、必ず逆の結果が出る)と言われているそーな。

小泉首相は選挙に強くない。最初の2001年夏の参院選ではたしかに勝った。しかし、2回目の2003年秋の総選挙は、公明党・創価学会のおかげでやっと勝った。2004年夏の参院選では、公明党の助けを得ても、なお民主党に負けた。今度も、小泉首相は負ける流れである。野党はこれからだ。自信を持って起ち上がれば、道は開ける。9月11日の深夜になると、小泉首相の敗北=総辞職が明らかになるはずである。後から攻めるのがよいのである。戦いはこれからだ・・・(森田実の時代を斬る

政治評論家森田氏:自民党惨敗の公算、解散総選挙−民主党政権誕生も

政治評論家の森田実氏は8日、郵政民営化法案が参議院で否決され、衆院解散・総選挙となることについて、小泉首相の強引な手法に参議院議員が怒ったのが本質で、衆院選挙では自民党が惨敗する可能性が高いと予想した・・・(中略)・・・そうした想定の下に選挙後の政治の形として、1)民主党が政権を取る、2)自民党から分裂する新党と民主党が連立政権を組む、3)自民党・公明党と新党が3党連立政権を組む――というケースを可能性の高い順にあげた。今回の参院本会議での結末や総選挙の景気に与える影響については「中立である」とした・・・(ブルームバーグ


2005-09-13

_ [news][bio] Tせんせー!!!

論文の信頼性確認できず 東大教授の遺伝子研究

 東京大大学院工学研究科は13日、多比良和誠教授(化学生命工学)が発表した遺伝子の機能解析に関する論文4点について「実験したことを示すノートやデータが存在せず、信頼性が確認できない」とする中間調査結果を発表した。

 他の7論文についても日本RNA学会は「実験の再現性がない」と疑問を示しており、同科は多比良教授に追試験を求めた。平尾公彦科長は「不正が明らかになれば、しかるべき処置を取りたい」と述べた。

 多比良教授は、RNAで遺伝子の発現を妨げる「RNA干渉」を使い遺伝子機能を解析する手法の分野で著名な研究者。

 平尾科長によると、4月に同学会から指摘があり、多比良教授と助手が2002−04年に英科学誌ネイチャーなどに発表した共著論文11点について、内部調査した。

(共同通信) - 9月13日19時37分更新


2005-09-14

_ [news][bio] 東大教授の論文に「根拠得られず」 大学が再実験を要請

なんか、大きな騒ぎになりつつある様子。

多比良先生はRNA研究の第一人者であり、かつてはリボザイム、現在はsiRNA関連の論文を多数出されている。しかし、多比良研の研究成果の再現性が乏しいというウワサは、リボザイム時代から有名だったり。

さて、今回、問題になっているのは、Narureに発表された何報かの論文。とりわけ、「ヒト細胞でのsiRNAによるDNA methylationの誘導と遺伝子サイレンシング」に関する論文*1が取りざたされているようだ。

これについて、この夏にヒトのDNAメチル化を否定するLETTERがNature Genetics*2に掲載された。

それにしても、ベンチャーでも活躍されている多比良研究室において「実験結果を裏付ける明確な生データの存在を確認できなかった」というのは、にわかには信じがたいが、大学などのアカデミックな研究の場では、実験データの管理は学生や研究者任せになっていたりするケースが多い。とりわけ競争が激しい研究分野では、研究室内での実験データの評価と保管のプロセスを、きちんと定めておく必要があるのかもしれない。

*1 Kawasaki H. & Taira K. Induction of DNA methylation and gene silencing by short interfering RNAs in human cells. Nature 431, 211-217(2004)

*2 Ting AH, Schuebel KE, Herman JG & Baylin SB. Short double-stranded RNA induces transcriptional gene silencing in human cancer cells in the absence of DNA methylation. Nature Genetics 37, 906 - 910 (2005)


2005-09-15

_ [memo] 魏源『聖武記附録』から

古に倣えば今に通ぜず
雅を択べば俗に諧わず

古学ばかりの世界に密着しすぎると、現今ただいまの課題がわからなくなる。
また、格調の正しい学問ばかりやっていると、実際の世界のうごきにうとくなる。(司馬遼太郎『世に棲む日日』)

本日のツッコミ(全1件) [ツッコミを入れる]

_ 鹿倉一彦 [好きな言葉で、掛け軸にして飾ってある。学問だけでなくビジネスや家訓 ?の様に自分に戒めている。 ]


2005-09-16

_ [news][IT] ネットでも自民が圧勝 支持ブログ、民主の2倍

インターネットのブログ(日記風サイト)に書かれた衆院選関連の記事のうち、自民党を明確に支持する内容の書き込みが、民主党支持の2倍以上だったことが、ブログ検索のテクノラティジャパン(東京)の調査で16日分かった。

 賛否両方を含んだ単純な記事数でも自民党は民主党より約4割多く、歴史的勝利を収めた自民はネット上でも「圧勝」していた。ブログ利用者の中心は20−30代の若い世代で、若者の自民人気をうかがわせる結果となった。

 公示日から投票前日まで国内約80万のブログから選挙関連記事を収集、内容をコンピューターで細かく解析した。

 その結果、「自民党」を主語にして「投票する」「賛成する」などと書いた、明確な自民支持の記事が470件だった。民主支持のものは214件にとどまった。

かつて“市民運動家”たちは、「インターネットが普及すれば、市民運動が広まる」とゆー幻想を抱いていた時代があった。サヨクな方々から毛嫌いされている“2ちゃんねる”でさえも、リベラルな意見が幅を利かせていた時代もあったのだ。(当時のインターネット利用者は、アカデミックな関係者が多かったのが、その理由かもしれない)

さて、若者ほど自民党支持が多いとの事だが、これは民主党の支持層と思われる“リベラル”な人々は団塊世代に多く、若者の目からは「既得権益を守り、改革を拒む守旧派世代」と目されているようだ。つまり、「世代間闘争」の様相も含んでいるのではないかと。一部に「若者が保守化・右傾化している」と嘆く向きもあるが、すでにメディアを含むリベラルな勢力が「権威」となってしまっている現状があり、若者たちがそれを「壊したい」と願うのは、いつの時代も同じなのかもしれない。


2005-09-24

_ [music] How to Dismantle an Atomic Bomb

comment

_ [memo] 1/24 攻殻機動隊 S.A.C. 2nd GIG シリーズ No.1 タチコマ

comment

設定通り9体購入したいところではあるが、とりあえず2体予約。


2005-09-26

_ [news] 社会人入学「間口は広いが、出口の先は奈落の底」

社会人入学はこの10年で倍増した。しかし、学振や大学助手などのポストには依然として年齢制限が設けられており、社会人入学者には出口が無いという現実がある。

まぁ、しばらくは論博制度を温存するらしいし、卒業後に職場復帰できる事が保障されていない場合は、あまり社会人入学はオススメできませぬなぁ。

_ [books][memo] 大人の科学マガジン9「ピンホール式プラネタリウム」

comment

大平貴之氏開発。7等星以上、約10000個の恒星を投影可能。これは買いですなー。

_ [bio][news] アレ疑惑

JAPAN:Tokyo Professor Asked to Redo Experiments, Science 309:1973(2005)


2005-09-27

_ [books] 実践バイオインフォマティクスプログラミング

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_ [memo] 朝日新聞「天声人語」2005年09月26日(月曜日)付

これまた、ぶっとんだ迷文でワロスw

まさか。そう思って、2度、3度と検算してみた。やはり正しい。うーむ。考え込んでしまう。先日あった総選挙での300小選挙区の票数のことである。

 自民、公明両党の候補者の得票数を合計すると、ざっと3350万票だった。一方の民主、共産、社民、複数の新党や無所属を全部合わせると3450万票を超えている。なんと、100万票も与党より多いではないか。

 小泉首相は断言していた。「郵政民営化の是非を問う選挙だ」。そして、法案に反対した自民党議員の選挙区に「刺客」を送った。「民営化反対だけの候補者になったら有権者も困る。賛成の自民、公明どちらかの候補者を出さないと選択できない」という理屈だった。

 まるで、小選挙区で民営化への白黒をつける国民投票を仕掛けたように見えた。ならば、この票数では民営化は否決されたことにな りはしないか。反論はあろう。無所属の中には民営化賛成もいたとか、比例区の得票数なら与党の方が多いとか。

 でも与党の議席占有率ほど、民営化の民意が強くないのは確かだ。小選挙区制は死票が多いぶん、民意のわずかな違いが大きな議席の差を生み、政治を一気に動かしていく。12年前、カナダで約150あった与党の議席が2に激減した例もある。

 とはいえ、民意を一方向に束ねたような今回の結果には改めて驚いた。きょう、小泉首相は所信表明演説で郵政民営化を熱く語るはずだ。そのとき、小選挙区への投票者の過半数が、必ずしも民営化に賛成ではなかったという事実は、頭の片隅にあるのだろうか。

選挙結果のショックで、天声人語氏の思考がイカレてしまったのかどうか知らぬが、いくらなんでも「民主、共産、社民、複数の新党や無所属を全部合わせる」のは、乱暴すぎはしないか?

そもそも、民主党はマニュフェストでは民営化には触れていないものの、郵政事業(貯金・簡保)の縮小・民営化論も選択肢に入れており、(実行できるかどうかは別にして)すべての票を民営化反対陣営に加えるのは問題がある。反対票をカウントするならば、せめて共産・社民あたりの得票までだろう。

もっとも、小選挙区制は死票の多い投票制度であり、同一選挙区に1名しか候補者を立てない与党に対し野党の候補者数は複数になる訳で、このような結果になるのは当然の事だが。。。

ちょっと笑った書き込み↓

139 名前:名無しさん@6周年 投稿日:2005/09/26(月) 10:11:33 ID:ruydHoUE0

と「ちよちゃん、何点だったの?」
ち「100点でしたー」
と「31点!」
神「30点!」
大「42点!」
 『3人合わせて103点!ボンクラーズの勝ち――!』
と言いたいわけだな


2005-09-28

_ [bio][IT] KChannelDB

Potassium Channelに特化したデータベース。配列のアライメントやらPDBへのリンクやらがゲットできる模様。


2005-09-29

_ [news][IT] 「汎用京速計算機」は人体シミュレーションを目指す

計算科学技術シンポジウムに関する話題。

 ソフト開発ではOSや、グリッドミドルウェア、異機種統合ソフトといったベース部分に加え、京速計算機が挑むグランドチャレンジのターゲットとして、ライフサイエンスとナノテクノロジーの2分野を設定する。

 ライフサイエンス分野の「次世代生命体統合シミュレーション」では、遺伝子レベルから細胞、器官、骨格、血流など人体を丸ごとシミュレートして解析可能な基盤ソフトの開発を目指す。テーラーメード医療の実現や新規創薬などがねらいだ。

 ナノ分野の「次世代ナノ統合シミュレーション」では、電子・原子・分子から分子複合デバイスに至るまで、ナノ材料を丸ごと解析できる環境を実現する。グリッドミドルウェアととナノシミュレーションソフトの開発を進めている「NAREGI」プロジェクトの成果をベースに開発する。

スパコン研究を推進するための拠点として「先端計算科学技術センター」(仮称)の新設も視野に入れているとか。

_ [IT][memo] 「のまネコ問題」のまとめ

http://www.bmybox.com/~studio_u/nomaneko/

2005-09-30

_ [IT][bio] Km(Kyoto Model)

配布元は、秋田大学医学部。実習書付き。

Km (Kyoto Model) は、電気生理学的手法で記録されたイオンチャネルのゲーティングパラメータや電流密度を元に心筋細胞の電気活動をコンピュータ上でシミュレーションするプログラムです.

_ [IT][bio] 国際塩基配列データベースの総塩基数が100ギガ(1000億)突破

DDBJメールマガジンより。

DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベースで収集・提供している塩基 (DNA, RNA) 総数が2005年8月に100ギガ(1000億)塩基を超えました。これは,欧州の EMBL Bank,米国の GenBank そして我が国の DDBJの3者相互による,国際データ交換によって到達した快挙といえます。なお,3者のデータバンクの総称は,今後 International Nucleotide Sequence Database Collaboration(INSDC,国際塩基配列データベース共同体) とすることになりました。