2005-10-27
_ [bio][IT] update_blastdb.pl
自動でblastのデータベースセットをFTPでダウンロードしてくるPerlスクリプトらしい。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/docs/update_blastdb.pl
使い方は、簡単。
./update_blastdb.pl htgs
のようにコマンドラインから実行すると、全てのHTGsファイル（htgs.00.tar.gz - htgs.03.tar.gz）をNCBIのFTPサイトからダウンロードしてきてくれる。また、ローカルのデータベースファイルのデータスタンプと比較を行い、新しいバージョンのデータファイルのみをダウンロードしてきてくれるというから、かなり賢い。crontabでスケジューリング化しておくと良いだろう。
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