tetraの外部記憶箱

_ [photo] 武蔵御嶽神社

今日は奥多摩の手前、御岳(みたけ)山に登ってきた。紅葉にはまだ早かった様子。

_ [Mac] DVDプレーヤーがおかしい。。。

昨夜、久々にPowerBookでDVDを見ようと思ったら、なにやら動作がおかしい。動画や音声が途切れ途切れになってしまって、マトモに再生ができないのだ。再起動しても直らない・・・ナゼだ？？？（クリーナーが必要？）

_ [books] 国際学会のための科学英語絶対リスニング―ライブ英語と基本フレーズで英語耳をつくる!

_ [books] 考える脳 考えるコンピューター

_ [books] メディシン・クエスト―新薬発見のあくなき探求

以上、積読リスト。

_ [bio][IT] ヒマなので。。。

至極あいまいな目的で出向に出されてしまい、ヒマをもてあましているので（オイオイ）、この機会に統計処理パッケージ「R」とか、「Bioconductor」とかの使い方を覚えてしまおうかと。（こんなにまとまって時間が取れる事は、今後、無いだろうからね）

まず、手元Windowsのマシンに「R」をインストール。

筑波大のミラーサイトから、Windows (95 and later) →base→R-2.2.0-win32.exeを落としてきて実行。途中、色々聞かれるがテキトーに。

インストールが終わって、デスクトップのアイコンをクリックすると、ありゃりゃ、いきなり文字化け！これは、「編集」→「GUI プリファレンス」で、Fontの設定を「MS Gothic」とかに設定すると、正しく表示されるようになった。

あらかじめCygwinもインストールしていたので、こっちのコマンドラインから起動できるようにPathを通して見たのだけど、なぜか固まってしまうので断念。

次に「Bioconductor」のインストール。

「R」のコンソールから、下記のように打ち込めばOK。

> source("http://www.bioconductor.org/getBioC.R")

> getBioC()

無事にインストールされれば、以下のコマンドでインストールされたライブラリの一覧に"affy"等が追加されているはず。

> library()

_ [bio][IT][books] Bioinformatics And Computational Biology Solutions Using R And Bioconductor

思い切って自腹で買ってしまうかな、それとも、会社で買ってもらおうかな。

_ [bio][IT] バイオ医療オミックス情報学人材養成プログラム

東京医科歯科大学　科学技術振興調整費の新興分野人材養成「バイオ医療オミックス情報学人材養成プログラム」

■募集定員及びコース

コース名：医学関係者を主に対象としたバイオ医療オミックス情報学・・・定員：１０名

コース名：バイオインフォマティストを主に対象としたバイオ医療オミックス情報学・・・定員：１０名

_ [IT][memo] Postfixでスパムメールを拒否する方法

スパムメールを拒否するため /etc/postfix/main.cfの設定をいじってみた。

maps_rbl_domains = relays.ordb.org

smtpd_client_restrictions = permit_mynetworks, reject_unknown_client, hash:/etc/postfix/reject_list, reject_maps_rbl

reject_maps_rblでrelays.ordb.orgに登録されているサーバからのメールを拒否。reject_unknown_clientでもって逆引きできないサーバからのメールも拒否。さらにローカルのブラックリスト（/etc/postfix/reject_list）に書いてあるサーバも拒否する。

ローカルのブラックリストには、

hoge.tw     REJECT

hogehoge.kr     REJECT

のように書いておいて、root権限で以下のコマンドを実行。

# postmap /etc/postfix/reject_list

# postfix reload

_ [bio][IT][Cygwin] いろいろとがんばってみる

昔と比べて、Cygwinそのもののインストールは楽になったのだけれど、さて色々なパッケージをインストールしてみようとすると、なかなかコンパイルができずに四苦八苦・・・所詮、sshクライアント代わりか。（やっぱ、Mac持ってきたいなー）

_ [music] アメイジング・グレイス

iTMSで購入（￥1,200）しちゃったけど、ライヴ映像入りで￥1,890 (10% OFF)なら、Amazonで買った方が全然お得だったなぁ。

_ [IT][news] 政府インターネットテレビ

Windows&IE以外では見られないらしい。

_ [bio][IT] タダで使えるらしい分子軌道法のプログラム

● GAMESS

ab initioh法による分子量子化学計算ソフト

● pyQuante

Pythonを使った分子量子化学計算ソフト

● Winmostar

分子のモデリングから分子軌道計算、計算結果の表示までをWindows上で実現するソフト

● MOLDA

分子モデリングプログラム。複数の計算化学ソフトの結果をグラフィカルに表示可能

● Molden

GAMESS や Gaussian、Mopac/Ampacの結果から分子密度を表示させるパッケージ

_ [Mac] DVD不調その後

OSの再インストールをしたら直ったが、アップデートをかけたら症状が再現した。どうやら、Mac OSXのアップデートをかけると、PBG4のDVDの再生がおかしくなるよーだ。

_ [music] ライフ(+5) - カーディガンズ

1995年にヒットしたスウェーデン・ポップス。1曲目の「カーニヴァル」は、今、トヨタの「プリウス」のCM曲にも使われている様子。

_ [bio][IT] NCBI Search Toolbar

chalk-less::weblog::theclaさんより。

あんまりIE＆Firefox用があるのだけど、どちらのブラウザもあまり使ってないなぁ・・・（WinはSleipnr、MacはSafariユーザなので）

_ [bio][event] GIW 2005

Registration完了。会社がJSBiの法人会員なので参加費はタダだったり。

_ [music] The Best of Holly Cole

"Calling You"が聞きたくて購入。これから寒い季節にピッタリな曲が多い。

_ [bio][IT] BioPAX国際シンポジウム メモ

• BioPAX : http://www.biopax.org/
• aMAZE : http://www.amaze.ulb.ac.be/
• Reactome : http://www.amaze.ulb.ac.be/
• INOH : http://www.inoh.org/
• GenomicObject Net : http://www.genomicobject.net/
• SBML (Systems Biology Markup Language) : http://sbml.org/
• CellML : http://www.cellml.org/
• BioModels.net : http://biomodels.net/
• CellDesigner : http://www.celldesigner.org/
• Dizzy Home Page : http://labs.systemsbiology.net/bolouri/software/Dizzy/
• COPASI (Complex Pathway Simulator) : http://www.copasi.org/

_ [memo] 秋色にしてみた

トップの画像を秋っぽく。（国分寺の「お鷹の道」にて撮影）

_ [news][memo] 「無防備地域宣言」について

「無防備地域宣言」を行うよう地方自治体に求める運動が広がっているらしい。

http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20051121-00000001-san-pol

「無防備地域宣言」は、「ジュネーブ条約追加第一議定書」に規定されているもので、以下のような内容のもの。

第五十九条　無防備地区

１　紛争当事者が無防備地区を攻撃することは、手段のいかんを問わず、禁止する。

２　紛争当事者の適当な当局は、軍隊が接触している地帯の付近又はその中にある居住地区であって敵対する紛争当事者による占領に対して開放されるものを、無防備地区として宣言することができる。無防備地区は、次のすべての条件を満たしたものとする。

（a）すべての戦闘員が撤退しており並びにすべての移動可能な兵器及び軍用設備が撤去されていること。

（b）固定された軍事施設の敵対的な使用が行われないこと。

（c）当局又は住民により敵対行為が行われないこと。

（d）軍事行動を支援する活動が行われないこと。

しかし、「無防備地域宣言」をしたところで交戦相手国がジュネーブ条約を守ってくれるかどうかは運次第だろう。さらに、この宣言は、テロや反政府武装組織に対しては無効である。そもそも、条例自体が地方自治法や自衛隊法などに抵触してしまい、無効となる可能性が高い。

この宣言の問題点については、今村岳司氏(西宮市議会議員)のまとめた「無防備地域宣言運動への反論」がまとまっているので、一読をお勧めする。

_ [photo] 鎌倉・明月院

やはり、今年は例年よりも紅葉の時期が少しばかり遅れているような気がする。

_ [bio][books] ヒトの分子遺伝学 第3版

第3版出てますね。目次を見た限りでは、バイオインフォマティクスや発生学に関する記述が強化されている様だ。

_ [memo] 医薬産業政策研究所

って、製薬協の関連団体かしらん？

“創薬の場”としての競争力強化に向けて−製薬産業の現状と課題−

_ [TV][memo] NEWS23の統計捏造操作

Irregular Expressionのgoriさんが、ギャラップ社の一次データに当たって捏造ぶりを検証されてます。

まぁ、TBSの捏造には前科がありますが、またやっちまった模様。これだから、既存メディアは信頼度を落とすんだよ！

_ [science] 「はやぶさ」のいちばん長い日

JAXA対外協力室長・的川泰宣氏による「はやぶさ」着陸のドキュメント。

_ [memo] ScreenSavers Lab

かっこいいスクリーンセーバーめっけ（ただしMac限定）

_ [SETI] LinuxのコマンドラインでSETI@home/BOINCを動かす

まったく気が付かなかったのだけど、知らぬ間にSETI@homeがBOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing)へ移行してました。 Windowsマシンへのインストールは、下記記事を参照の事。グラフィックが3D表示に変わり、カッコよくなりました。

・[ITmedia]「SETI@home Classic」プロジェクト終了

以下は、LinuxのコマンドラインでBOINCクライアントを動かす方法について。

1. 既にSETI@homeアカウントをもっている方は、オフィシャルページ（http://boinc.oocp.org/sah/sah_email_form.php）でSETI@homeクラシックアカウントからBOINCアカウントへの以降手続きを行う。すると、登録されているメールアドレスにアカウント・キーが送られてくる。
2. BOINCのダウンロードページから、BOINCクライアントをダウンロード。
3. ダウンロードしたファイルに実行権限を付けて、実行する。

$ chmod +x boinc_5.2.13_i686-pc-linux-gnu.sh
$ ./boinc_5.2.13_i686-pc-linux-gnu.sh

4. BOINCディレクトリ内に、必要なファイルが解凍されるので、フォルダごとテキトーな場所へコピー。

$ su
# cp -r BOINC /usr/local

5. 下記の内容の実行スクリプト(boinc.sh)を作成し、/usr/local/bin以下あたりに置いておく。

cd /usr/local/BOINC
/usr/local/BOINC/boinc -attach_project http://setiathome.berkeley.edu (自分のアカウントキー) > /dev/null &

6. マシンの起動時に自動実行されるように、下記の記述を「/etc/rc.local」あたりに書き足しておく。

/usr/local/bin/boinc.sh

ちなみに、BONICを起動させた場所へ、SETIからのファイルをダウンロードしたり、実行途中の結果などを保存しているらしい。コマンドラインプログラムのオプションについては、BONICの解説ページを参照の事。

_ [memo] TrackBackのテスト

どーりでTrackBackスパムに襲われた事が無かったと思ったら、プラグインが、きちんとインストールされてなかった様です。多分、これで問題ないハズ。