tetraの外部記憶箱

最新 追記
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2006-01-05

_ [log] 仕事始め

朝っぱらから、8階へのお引越し作業。

_ [memo] BUGJA(バグじゃー!)

BUGJA(バグジャー): Bioperl Users Group in Japan

BioPerlの日本ユーザー会発足。

_ [books] Mind Hacks―実験で知る脳と心のシステム

comment

オライリーから出た脳科学の本。あなたの脳と心をハッキング♪

サンプルHack

_ [books] ビッグ・ファーマ―製薬会社の真実

comment

The New England Journal of Medicineの前編集長のエンジェル氏が、米国の巨大製薬企業の内幕を暴露した本。


2006-01-06

_ [bio][IT] Nucleic Acids Research, Database Issue 2006

画像の説明

出てましたね。

アレ関連だけピックアップ。

Priyanka Shahi, Serguei Loukianiouk, Andreas Bohne-Lang, Marc Kenzelmann, Stefan Küffer, Sabine Maertens, Roland Eils, Herrmann-Josef Gröne, Norbert Gretz, and Benedikt Brors
Argonaute—a database for gene regulation by mammalian microRNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: D115-D118
http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/argonaute/interface/
miRBase::Sequences、NONCODE、RNAdbなどをまとめた、miRNAの統合データベース。

Rumen Kostadinov, Nishtha Malhotra, Manuel Viotti, Robert Shine, Lawrence D'Antonio, and Paramjeet Bagga
GRSDB: a database of quadruplex forming G-rich sequences in alternatively processed mammalian pre-mRNA sequences
Nucl. Acids Res. 2006 34: D119-D124
http://bioinformatics.ramapo.edu/grsdb/
RNA4重鎖構造を組むと推定されるGリッチ領域のデータベース。

Paul W.C. Hsu, Hsien-Da Huang, Sheng-Da Hsu, Li-Zen Lin, Ann-Ping Tsou, Ching-Ping Tseng, Peter F. Stadler, Stefan Washietl, and Ivo L. Hofacker
miRNAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mammalian genomes
Nucl. Acids Res. 2006 34: D135-D139
http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
miRNAを、既知あるいは予想されるターゲット遺伝子にマップしたデータベース。

Sam Griffiths-Jones, Russell J. Grocock, Stijn van Dongen, Alex Bateman, and Anton J. Enright
miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature
Nucl. Acids Res. 2006 34: D140-D144
http://microrna.sanger.ac.uk/
Sangerが提供するスタンダードなmiRNAデータベース。

Tao Wu, Jie Wang, Changning Liu, Yong Zhang, Baochen Shi, Xiaopeng Zhu, Zhihua Zhang, Geir Skogerbø, Lan Chen, Hongchao Lu, Yi Zhao, and Runsheng Chen
NPInter: the noncoding RNAs and protein related biomacromolecules interaction database
Nucl. Acids Res. 2006 34: D150-D152
http://bioinfo.ibp.ac.cn/NPInter/or http://www.bioinfo.org.cn/NPInter/
noncording RNA (tRNA、rRNAは除く)とタンパク質関連生体分子(タンパク質、mRNA、genomic DNA)との関係を、8つのカテゴリに分類したデータベース。


2006-01-07

_ [IT][books] コンピュータの仕組み ハードウェア編 体系的に学ぶやさしいコンピュータ教科書

comment comment

コンピュータのハードウェアの仕組みについて、基礎的なところから体系的に分かりやすく書かれている。非情報系出身者の方にオススメ。


2006-01-09

_ [news] 日本に報道規制を要求 中国「対中批判多すぎ」

【北京9日共同】中国外務省の崔天凱アジア局長は9日、北京での日中政府間協議で「日本のマスコミは中国のマイナス面ばかり書いている。日本政府はもっとマスコミを指導すべきだ」と述べ、日本側に中国報道についての規制を強く求めた。

 メディアを政府の監督下に置き、報道の自由を厳しく規制している中国当局者の要求に対し、日本外務省の佐々江賢一郎アジア大洋州局長らは「そんなことは無理」と説明したという。

 日本側によると、崔局長はまた、小泉純一郎首相の靖国神社参拝問題や日本国内での「中国脅威論」の高まりなども挙げ「(日中間にあるのは)日本が起こした問題ばかり。中国は常に守りに回っている」と批判した。

えーっと、これは「日本も報道の自由を規制しろ」とゆーことですか?(^_^;
さすが、独裁主義国家ですなぁ〜(笑)


2006-01-11

_ [IT][tDiary] Plugin Error

tDiaryが突然のエラーにみまわれる。

Plugin Error
Errors in plugins? Retry to Update or Configure.

ArgumentError
dump format error (unlinked)

そこで、一つずつpluginをはずして調べてみると、どうやらdisp_referrer.rbでエラーが発生していた模様。とりあえず、はずしておく。

_ [IT][tDiary] Plugin Error その2

どうやら、disp_referrerのキャッシュが壊れていた模様。日記データベースディレクトリの中のchache/disp_referrer2.cacheを削除し、キャッシュの更新を行ったら解決した。

_ [IT][Mac] ついにIntel Mac登場

ITmedia +D LifeStyle:「4倍速い」MacBook Proと「2倍速い」iMacがIntel Core Duo搭載で登場

MacBookの重さは2.5kgですか・・・もっと軽かったら買いだったけど。intel Mac miniは出ないのかな?


2006-01-12

_ [news][pharma] 製薬関連ニュース(1/12)

医薬品業界のニュースを定点観測します。

厚労省、新薬の副作用を「定点観測」・現場から情報(日経新聞)

厚生労働省は2006年度から医療現場で医薬品の副作用などを“定点観測”する「市販直後安全性情報収集事業」を始める。新規性が高く国内の治験症例数が少ない医薬品について市販開始後の半年間、医療機関から使用状況などの情報を毎週収集し、ガイドラインを作成する。また1月末にも医薬品や医療機器の副作用情報の全件公表を始める。

スイス製薬大手ノバルティス、ベルナの買収見送りへ(日経新聞)

スイスの製薬大手ノバルティスは10日、スイスのワクチン会社ベルナ・バイオテックの買収を見送ることを決定した。これにより、蘭クルセルによるベルナの買収がほぼ確実となる。

_ [IT][MPI] MPIでhello world

まずは定番。

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
main(int argc, char **argv)
{
  int    nprocs, rank;
  MPI_Init(&argc, &argv);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nprocs);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  printf("hello world from rank %d of %d\n", rank, nprocs);
  MPI_Finalize();
}

これを4ノード×2CPUで実行。

<0:0> SCORE: 8 nodes (4x2) ready.
hello world from rank 1 of 8
hello world from rank 7 of 8
hello world from rank 3 of 8
hello world from rank 5 of 8
hello world from rank 0 of 8
hello world from rank 2 of 8
hello world from rank 6 of 8
hello world from rank 4 of 8
SCOUT: Session done.

2006-01-13

_ [memo] 製薬協提供番組「希望へのメッセージ・くすり物語」

喘息と闘うプロレスラー高山善廣…薬が夢をかなえてくれる!

どんな相手にも逃げることなく正面から相手に向かう正統派のトップレスラー、高山善廣。今やカリスマ的存在でもある彼は、幼少の頃から喘息の発作に悩まされ続けてきた。薬の研究開発の進歩は、喘息をコントロールしながら健康な人と変わらない快適な生活を送ることが可能となり、高山は闘いのリングに立つ。

大切な記憶が奪われていく…「若年性アルツハイマー病」の生活

若年性アルツハイマー病は65歳未満の特に40代、50代というまさに働き盛りの年齢で突然襲ってくることがあるという。番組では40代で発症した長崎県の男性患者を紹介する。まわりの人々に支えられながら送る日々。そして症状を遅らせることができる薬と出会い、彼の生活は変化していく。

  • 放送日時:2006年1月14日(土) 10:30〜11:25
  • 放 映 局:日本テレビ系列全国28局ネット

2006-01-15

_ [music] NIKKI - くるり

comment

京急のCMで「赤い電車」を聞き、とても気になっていた「くるり」のアルバム。

力の抜けたような、ポップな感じが気持ちよい。


2006-01-16

_ [news] ライブドア強制捜査

証券取引法違反(偽計取引、風説の流布)の疑い。

第158条 何人も、有価証券の募集、売出し若しくは売買その他の取引若しくは有価証券指数等先物取引等、有価証券オプション取引等、外国市場証券先物取引等若しくは有価証券店頭デリバティブ取引等のため、又は有価証券等の相場の変動を図る目的をもつて、風説を流布し、偽計を用い、又は暴行若しくは脅迫をしてはならない。


2006-01-17

_ [IT][MPI] プロセスとI/O

MPI_Init:MPIを使うときに、最初に唱える呪文。

MPI_Finalize:MPIを使い終わったときに唱えなければならない呪文。

MPI_Comm_rank:自分のプロセスのランク(rank)を知るための関数。

MPI_Attr_get:属性が定義されているかどうかを調べる関数。

MPI_IO:定義済みの属性キー。属性の内容は、次のように関連付けられている。
MPI_ANY_SOURCE・・・すべてのプロセスでI/Oが使用できる。
MPI_PROC_NULL・・・I/Oは使用できない。
・上記以外の値を持つ場合は、その値がI/Oを使用できるプロセスのランクを意味する。

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
main(int argc, char **argv) {
    int nprocs, rank;
    int *attr;
    int flag;
    MPI_Init(&argc, &argv);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
    MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_IO, &attr, &flag);
    if(flag) {
        if(*attr == MPI_ANY_SOURCE) {
            printf("Rank %d may use I/O\n", rank);
        } else if(*attr == MPI_PROC_NULL) {
            /* I/Oは使えない */
        } else {
            /* *attrで示されるランクでI/Oが使える */
        }
    }
    MPI_Finalize();
}

実行結果。

SCOUT: Spawning done.        
SCore-D 5.7.0 connected.
<0:0> SCORE: 8 nodes (4x2) ready.
Rank 1 may use I/O
Rank 7 may use I/O
Rank 3 may use I/O
Rank 0 may use I/O
Rank 4 may use I/O
Rank 5 may use I/O
Rank 6 may use I/O
Rank 2 may use I/O
SCOUT: Session done.

参考文献:「Linuxで並列処理をしよう―SCoreで作るスーパーコンピュータ」(共立出版)

comment


2006-01-18

_ [IT][MPI] 数値積分(並列台形公式)

関数f(x) = x*xについて、X=a〜bまでをn個の積分区間に分け、各プロセスで台形公式によって計算する。 プロセス0以外は積分値をプロセス0へ送り、プロセス0は各プロセスから受け取った結果を足し合わせて、表示する。

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

main(int argc, char** argv) { int my_rank; /* カレントプロセスのランク */ int p; /* プロセスの数 */ float a = 0.0; /* 全積分区間の左端 */ float b = 1.0; /* 全積分区間の右端 */ int n = 1024; /* 台形の全個数 */ float h; /* 台形の底辺の長さ */ float local_a; /* 本プロセスの積分区間の左端 */ float local_b; /* 本プロセスの積分区間の右端 */ int local_n; /* 本プロセスの台形の数 */ float integral; /* 本プロセスの積分 */ float total; /* 全積分値 */ int source; /* 積分を送るプロセス */ int dest = 0; /* すべてのメッセージは0へ */
int tag = 0; MPI_Status status;
/* ローカルな積分を計算する */ float Trap(float local_a, float local_b, int local_n, float h);
/* MPIの初期化 */ MPI_Init(&argc, &argv);
/* カレントプロセスのランクを求める */ MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank);
/* プロセスの数を求める */ MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
h = (b-a)/n; /* hはすべてのプロセスで同じ */ local_n = n/p; /* したがって台形の数も同じ */
/* 各プロセスの積分区間の長さはlocal_n*hである。 */ /* 本区間は次から始まる */ local_a = a + my_rank*local_n*h; local_b = local_a + local_n*h; integral = Trap(local_a, local_b, local_n, h);
/* 各プロセスの積分を加算する */ if (my_rank == 0) { total = integral; for (source = 1; source < p; source++) { MPI_Recv(&integral, 1, MPI_FLOAT, source, tag, MPI_COMM_WORLD, &status); total = total + integral; } } else { MPI_Send(&integral, 1, MPI_FLOAT, dest, tag, MPI_COMM_WORLD); }
/* 結果のプリント */ if (my_rank == 0) { printf("With n = %d trapezoids, our estimate\n", n); printf("of the integral from %f to %f = %f\n", a, b, total); }
/* MPIを閉じる */ MPI_Finalize(); } /* main */
float Trap( float local_a /* 入力 */, float local_b /* 入力 */, int local_n /* 入力 */, float h /* 入力 */){
float integral; /* 積分値 */ float x; int i;
float f(float x); /* 被積分関数 */
integral = (f(local_a) + f(local_b))/2.0; x = local_a; for (i = 1; i <= local_n-1; i++) { x = x + h; integral = integral + f(x); } integral = integral*h; return integral; } /* Trap */
float f(float x) { float return_val; /* f(x) を計算する */ /* return_val に計算結果を入れる */ return_val = x * x; return return_val; } /* f */

参考文献:MPI並列プログラミング(培風館)

comment

_ [IT] 双子の悪魔

「無線LAN接続を横取りする『Evil Twin』ホットスポット」を英大学が警告(IT Pro)

「Evil Twin」とは、海外で新たに問題になっているサイバー犯罪の事。本来の無線APの代わりに、偽のAPを用意し、そこへアクセスしてきたユーザのマシンへウイルスを送り込んだり、パスワードなどを盗み出す手口らしい。ユーザーが気が付かないケースが多く、今後、大きな問題になりそうだ。

外部のホットスポットにアクセスする際には、気をつける必要がありそうだ。

_ [news] ライブドアショック!

東京地検特捜部によるライブドア強制捜査の影響で、株が大暴落。東証が「全銘柄の売買停止」を行ったことから、投資家の狼狽売りを誘ったとの事。これまで回復基調にあった日本経済が、一気に冷え込みかねない事態に。これに引っ張られる形で、アジアの株式市場も大幅続落。

正義感に駆られた東京地検の強制捜査が日本発世界恐慌の引き金を引いてしまったのか、それとも一時的な下げにとどまるのか。

・・・ライブドア株、買って無くてよかった。。。


2006-01-19

_ [news] 日経平均急反発、終値355円高

昨日の株価暴落で一時はどうなることやらと思ったが、なんとか反動で持ち直したようだ。もちろん、違法行為に手を染めたライブドアに責任があるわけだが、東京地検ももっと市場への影響を考えて捜査を行うべきではなかったかと。とりわけライブドアの株は数百円から購入できる事から個人投資家に人気が高く、庶民がなけなしの貯金や年金をはたいて購入しているケースも多かったと聞く。今回のライブドアショックによって庶民の財産がいっぺんに吹き飛んでしまった責任は、いったい誰が取るのだろう?(まっ、"自己責任"とゆーヤツかもしれんけどね)一方、マスコミからは「IT長者」に対する“ねたみ”としか思えない報道ばかりでウンザリする。

ところで、今回の検察の強制捜査は、わざとヒューザーの小嶋社長の証人喚問と同日に当てた「国策捜査」だったのでは?とする向きもあるようだ。「首相官邸による情報操作説」「検察の本当の狙いは安部氏だ」etc・・・想像力をたくましくして陰謀論を語るのは楽しいが、明確な証拠が無い限りは、いずれも想像の域を出ない。


2006-01-21

_ [news] 米米国産牛肉、再び輸入禁止…危険部位が混入

輸入が再開されたアメリカ産牛肉に脊柱が混入していた事が分かり、再度、輸入禁止に。っちゅーか、アメリカの品質管理は杜撰すぎだ。

現在、国産牛肉に関しては全頭検査、輸入牛肉に関しては生後20か月以下を全頭検査から除外するという、ダブルスタンダードが生じているが、少なくとも内外の基準は一致すべきじゃないのかな。


2006-01-24

_ [IT] センター試験の「ICプレーヤー」は、ミツミ電機製?

トラブルで問題になったセンター試験のリスニングに使われたICプレーヤーは、メモリースティックROMを使っているためソニー製だと思うが、分解レポート(持ち帰りOKだったらしい)によれば、どうやら基盤自体はミツミ電機製らしい。メモリースティックの中には「MSZYX000.BIN」〜「MSZYX007.BIN」までの8ファイルが含まれており、専用プレーヤーでしか再生できないようになっているとの事。

分解レポート


2006-01-26

_ [bio][IT] 日の丸データベース

今日は、文部省主催のゲノムネットワーク公開シンポジウムへ行ってきた。
個々の専門的なお話はさておき、有用な情報と言えば、昨日公開されたばかりの「日の丸データベース」かな。

ゲノムネットワークプラットフォーム
http://genomenetwork.nig.ac.jp/

プレスリリース(文部科学省)
http://www.mext.go.jp/b_menu/houdou/18/01/06012008.htm

ゲノムのアノテーション情報の他、理研が行ったCAGEやqRT-PCRによる発現情報、Y2Hによるタンパク質間相互作用情報などに重点を置いた作りになっている。また、今後は自然言語処理によって文献情報から予想される相互作用情報も取り入れてゆく予定との事。

_ [bio][memo] 今後の文科省関連のシンポジウム情報

会場でもらったパンフレットから。

文部科学省タンパク3000プロジェクト
第3回産学連携フォーラムin東京

日 時:平成18年2月22日(水)
場 所:東京国際フォーラム ホールB5 (東京都千代田区丸の内3-5-1)
参加費:無料(※17:15からの交流会は会費4000円)
主 催:文部科学省、タンパク3000プロジェクト産学連携フォーラム実行委員会
http://www.kuba.co.jp/prot3000/

NBRPシンポジウム
バイオリソースとライフサイエンス研究最前線

日 時:2006年3月9日(木) 10時〜17時30分
場 所:東京国際フォーラム7F・ホールB7(東京都千代田区丸の内)
参加費:無料
主 催:文部科学省NBRPシンポジウム実行委員会
後 援:国立遺伝学研究所、理化学研究所バイオリソースセンター
http://www2.convention.jp/nbrp/20060309.html

ライフサイエンス合同シンポジウム2006
東京会場
主 催:文部科学省
日 時:2006年3月14日(火)〜15日(水)
会 場:東京国際交流館 プラザ平成
※参加費無料(懇親会は会費3000円)
大阪会場
主 催:文部科学省
日 時:3月23日(木)
会 場:千里ライフサイエンスセンター
http://www.kuba.co.jp/life-science/


2006-01-30

_ [bio][memo] Nature Genetics blog

Geneticsだけなのかな?

http://blogs.nature.com/ng/freeassociation/

_ [bio][news] 劣性遺伝子押さえ込む メンデルの法則仕組み解明

Yahooニュースより。アブラナ科の植物において、自己と非自己を認識する(自家不和合性と言うらしい)S遺伝子“SP11”において、劣勢遺伝子のアレルの5'プロモーター領域がメチル化によって押さえ込まれているらしい。

Dominance relationships between self-incompatibility alleles controlled by DNA methylation

Hiroshi Shiba, Tomohiro Kakizaki, Megumi Iwano, Yoshiaki Tarutani, Masao Watanabe, Akira Isogai & Seiji Takayama
Nature Genetics Published online: 29 January 2006 | doi:10.1038/ng1734

_ [bio][news] 耳あかの乾湿決める遺伝子=長崎大など発見−乾型は北東アジア起源

Yahoo!ニュースより。 ABCC11と呼ばれる遺伝子(ABC transporterの一種)のSNP「538G→A」が、耳垢の乾型と湿型を決定しているらしい。機能活性によると、Aアレルの人のほうがGアレルの人と比べて、cGMPの排出活性が弱いとの事。また、湿型は中国・韓国・日本で多く、北東アジアで発生したのではないか?との事。

A SNP in the ABCC11 gene is the determinant of human earwax type
Koh-ichiro Yoshiura, Akira Kinoshita, Takafumi Ishida, Aya Ninokata, Toshihisa Ishikawa, Tadashi Kaname, Makoto Bannai, Katsushi Tokunaga, Shunro Sonoda, Ryoichi Komaki, Makoto Ihara, Vladimir A Saenko, Gabit K Alipov, Ichiro Sekine, Kazuki Komatsu, Haruo Takahashi, Mitsuko Nakashima, Nadiya Sosonkina, Christophe K Mapendano, Mohsen Ghadami, Masayo Nomura, De-Sheng Liang, Nobutomo Miwa, Dae-Kwang Kim, Ariuntuul Garidkhuu, Nagato Natsume, Tohru Ohta, Hiroaki Tomita, Akira Kaneko, Mihoko Kikuchi, Graciela Russomando, Kenji Hirayama, Minaka Ishibashi, Aya Takahashi, Naruya Saitou, Jeffery C Murray, Susumu Saito, Yusuke Nakamura & Norio Niikawa
Nature Genetics Published online: 29 January 2006 | doi:10.1038/ng1733

_ [bio][IT] BodyMap-Xs

http://bodymap.jp/

"Homo sapiens"の写真が大久保先生だった(笑)

本日のツッコミ(全3件) [ツッコミを入れる]

_ tetralog.in [Tetralog.. Neat :)]

_ tetralog.in [Tetralog.. Nice :)]

_ shjh porn video b0vb [Tetralog.. Slap-up :)]


2006-01-31

_ [IT] 日経エレクトロニクス分解班の軌跡 - Intel iMac 分解

話題の新製品を買ってきては、片っ端から分解するという、実にアレゲな日経エレクトロニクス分解班

毎回、楽しみにしているのだが、今度のターゲットは「Intel iMac」だ!

_ [IT][memo] OpenPNE

オープンソースなソーシャルネットワーキングサービス(SNS)のエンジンらしい。何かに特化したSNSを作るには、便利かもね。

OpenPNE

手嶋屋 - ニュース 「OpenPNEとは」