2006-01-06
_ [bio][IT] Nucleic Acids Research, Database Issue 2006
出てましたね。
アレ関連だけピックアップ。
Priyanka Shahi, Serguei Loukianiouk, Andreas Bohne-Lang, Marc Kenzelmann, Stefan Küffer, Sabine Maertens, Roland Eils, Herrmann-Josef Gröne, Norbert Gretz, and Benedikt Brors
Argonaute—a database for gene regulation by mammalian microRNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: D115-D118
http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/argonaute/interface/
miRBase::Sequences、NONCODE、RNAdbなどをまとめた、miRNAの統合データベース。
Rumen Kostadinov, Nishtha Malhotra, Manuel Viotti, Robert Shine, Lawrence D'Antonio, and Paramjeet Bagga
GRSDB: a database of quadruplex forming G-rich sequences in alternatively processed mammalian pre-mRNA sequences
Nucl. Acids Res. 2006 34: D119-D124
http://bioinformatics.ramapo.edu/grsdb/
RNA4重鎖構造を組むと推定されるGリッチ領域のデータベース。
Paul W.C. Hsu, Hsien-Da Huang, Sheng-Da Hsu, Li-Zen Lin, Ann-Ping Tsou, Ching-Ping Tseng, Peter F. Stadler, Stefan Washietl, and Ivo L. Hofacker
miRNAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mammalian genomes
Nucl. Acids Res. 2006 34: D135-D139
http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
miRNAを、既知あるいは予想されるターゲット遺伝子にマップしたデータベース。
Sam Griffiths-Jones, Russell J. Grocock, Stijn van Dongen, Alex Bateman, and Anton J. Enright
miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature
Nucl. Acids Res. 2006 34: D140-D144
http://microrna.sanger.ac.uk/
Sangerが提供するスタンダードなmiRNAデータベース。
Tao Wu, Jie Wang, Changning Liu, Yong Zhang, Baochen Shi, Xiaopeng Zhu, Zhihua Zhang, Geir Skogerbø, Lan Chen, Hongchao Lu, Yi Zhao, and Runsheng Chen
NPInter: the noncoding RNAs and protein related biomacromolecules interaction database
Nucl. Acids Res. 2006 34: D150-D152
http://bioinfo.ibp.ac.cn/NPInter/or http://www.bioinfo.org.cn/NPInter/
noncording RNA (tRNA、rRNAは除く)とタンパク質関連生体分子（タンパク質、mRNA、genomic DNA）との関係を、8つのカテゴリに分類したデータベース。