2006-02-02
_ [IT][MPI] 円周率の計算
MPIの集団通信（グループ通信）を使って、円周率の計算。円周率は、以下の計算式の区間積分から求められる。
ここで主に使われているMPI関数は、1つのプロセスからコミュニケータ内の他のプロセスにメッセージを一斉送信する「MPI_Bcast」と、コミュニケータ内の全プロセスのデータを1つのプロセスに集めて演算を行う「MPI_Reduce」の二つ。
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <math.h>
double f(double a){return (4.0 / (1.0 + a * a)); }
int main(int argc, char *argv[])
{
int done = 0, n, myid, numprocs, i;
double PI25DT = 3.141592653589793238462643;
double mypi, pi, h, sum, x;
double startwtime, endwtime;
int namelen;
char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
MPI_Init(&argc,&argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myid);
MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);
fprintf(stderr,"Process %d on %s\n", myid, processor_name);
n = 0;
while (!done) {
if (myid == 0) {
/*
printf("Enter he number of intervals: (0 quits) ");
scanf("%d",&n);
*/
if (n == 0) n=100; else n=0;
startwtime = MPI_Wtime();
}
MPI_Bcast(&n, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
if (n == 0)
done = 1;
else {
h = 1.0 / (double)n;
sum = 0.0;
for( i = myid + 1; i <= n; i += numprocs){
x = h * ((double)i - 0.5);
sum += f(x);
}
mypi = h * sum;
MPI_Reduce(&mypi, &pi, 1, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, 0, MPI_COMM_WORLD);
if(myid == 0){
printf("pi is approximately %.16f, Error is %.16f\n",
pi, fabs(pi - PI25DT));
endwtime = MPI_Wtime();
printf("wall clock time - %f\n", endwtime - startwtime);
}
}
}
MPI_Finalize();
return 0;
}
2006-02-03
_ [IT][memo] ExpressStation
すべてのサーバー管理者“サバレンジャー”必聴のポッドキャスティング番組・・・なんやそれ？？
http://www.express.nec.co.jp/es/radioshow/
なぜか、DJ赤坂泰彦が！（昔、ミリオンナイツよく聞いていたなぁー）
2006-02-06
_ [IT][Chem] 「２次元萌え」なツールたち
化合物の分子構造を2次元で描画するのに役立つツールなど。
ACD/ChemSketch : http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html
化学構造式を書くためのソフト。たぶん、アカデミックフリー。同様なソフトでは、MDLのISIS/Draw（http://www.mdli.com/）も有名。簡単な分子ならば、3D変換もできる。
Smi2Depict : http://cdb.ics.uci.edu/CHEMDB/Web/cgibin/Smi2DepictWeb.py
"SMILES"（分子の構造を表記する規則：http://www.daylight.com/smiles/smiles-intro.html）で書かれた分子を2D描画させるためのWebツール。
mol2ps : http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/mol2ps.html
Molfile/SDfile形式（分子構造を表記するためのフォーマット）で書かれたファイルを読み込み、PostScript形式で2D描画させるためのツール。バッチ処理するのに便利。GPLライセンス。
Babel : http://cdb.ics.uci.edu/CHEMDB/Web/cgibin/BabelWeb.py
Molfile/SDfile形式の化合物ファイルをSMILESに変換するためのWebツール。オープンソースのツールとして、OpenBabel（http://openbabel.sourceforge.net/）もある。
PubChem : http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBIの化合物データベース。最近、FTPサイト（ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubchem/Compound/）からデータをダウンロードできるようになったらしい。
2006-02-07
_ [IT][Chem] 「３次元萌え」なツールたち
フリーなツールやWebサービスを中心に。
Ligand Depot : http://ligand-depot.rutgers.edu/
リガンド分子からPDBのデータを検索できるWebサービス。化合物名や化学式のほかに、化学構造のクエリーから同じような部分構造を持つ化合物も検索できる。しかし、いつの間にやらPDBのサイトも便利なツールが増えていて驚いた。面白いのが“Ligand Explorer”。PDBの“Chemical Component”→“Ligand Interaction [ View ] ”から立ち上がるのだが、リガンド分子とタンパク質との水素結合情報などを、グラフィカルに表示したり、原子同士の結合距離や結合角を調べたりすることができたりする。
CORINA : http://www2.chemie.uni-erlangen.de/software/corina/free_struct.html
低分子の3次元構造を構築するWebツール。SMILESやJME Dditorなどで構造式を入力すると、予想される構造を構築してくれる。化学構造をフラグメントに分割し、化学的な知識ベースをもとに立体構造や環状構造の配座最適化を行っているらしい。
PyMOL : http://pymol.sourceforge.net/
タンパク質などの立体構造ビューア。使いやすく高機能と専らのウワサ。（オープンソース）
2006-02-08
_ [IT][bio] Molecule of the Month
http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/index.html
月刊「分子」？今月は“Alpha-amylase”。
_ [books][Chem] ケモインフォマティックス—予測と設計のための化学情報学
日本語で読めるケモインフォマティックスの成書としては唯一かな？ちとお高いが、Amazonで注文。
http://pub.maruzen.co.jp/book_magazine/chemoinfomatics/
_ [IT][Chem] 化合物の生理活性を調べるためのツールたち
Property Explorer : http://www.actelion.com/uninet/www/www_main_p.nsf/Content/Technologies+Property+Explorer
Actelion社のツールの体験版。構造式を入力すると、化合物のDrug-Like特性解析をしてくれる。
Molinspiration Calculation of molecular properties : http://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties
4つのターゲットタンパク質（GPCR、Ion channel、Kinase、Nuclear recepter）に対する生理活性特性を予測してくれるWebツール。
Enhanced NCI Database Browser : http://129.43.27.140/ncidb2/
NCI（National Cancer institute）のデータベース検索サービス。CASに登録されている化合物について、様々な化学特性やDruglike判定、PASS法による生理活性特性（319タイプ）の確立値などを一覧で表示。
ALOGPS 2.1 : http://146.107.217.178/lab/alogps/start.html
化合物の疎水性や脂溶性などをあらわすパラメータとして参考とされるLogP値（オクタノール／水分配係数）を、化合物の構造から予想するWebツール。
2006-02-09
_ [IT] データ解析ツール
ELECTRAS - Electronic Data Analysis Service
http://www2.chemie.uni-erlangen.de/projects/eDAS/
データ解析のためのWebアプリケーション。線形回帰、PCA、PCR、PLSなど。
LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines
http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/
台湾国立大学のLinらによって作られた、サポートベクターマシンのライブラリ。コマンドラインからだけではなく、R、Python、PerlRubyなどのインターフェイスもあるらしい。
2006-02-13
_ [IT] ぽっどきゃすてぃんぐ落語【びでお】
いつも電車の中でiPodで聞いて楽しんでいる「ぽっどきゃすてぃんぐ落語」に「びでお」バージョンが登場していた。時々「映像が見られればなぁ・・・」と不満に思っていただけに、うれしい限り。（気づくの遅すぎ・・・）
http://www.podcastjuice.jp/rakugo_video/
しかし、ファイルが大きく、ウチの細い回線ではダウンロードに時間がかかりすぎ！！このためだけに、光を考えてみてしまったり・・・
_ [IT][Chem][bio] バイオインフォマティクスとケモインフォマティクス
バイオインフォマティクスの主な対象は遺伝子とタンパク質である。しかしながらDNAやRNA、タンパク質も化合物である！そしてそれらは化学において強い興味の対象となっている。化学者は核酸やタンパク質の構造や機能の解析において多くの寄与をしてきた。これの意味することははっきりしている。つまりバイオインフォマティクスとケモインフォマティクスとの間に明確な区別はない！
ケモインフォマティクスとバイオインフォマティクスが協力することによってのみ、タンパク質、DNA、RNAの構造、特徴、機能の理解について前進することができる。
_ [IT][bio] タンパク質モデリングツール
MODELLER
http://salilab.org/modeller/
SegMod
http://csb.stanford.edu/levitt/segmod/
SCWRL
http://www1.jcsg.org/scripts/prod/scwrl/serve.cgi
SWISS-MODEL
http://swissmodel.expasy.org/
3D-JIGSAW
http://www.bmm.icnet.uk/servers/3djigsaw/
Verify3D
http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/
タンパク質立体構造のモデル評価ツール。
BioInfoBank Meta Server
http://bioinfo.pl/Meta/
複数のサーバにクエリーを投げるためのMetaサーバ。ただし、メールアドレスや検索中の途中経過などは全て公開されてしまうので注意。
VAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/
NCBIで公開しているタンパク質類似立体構造検索サービス。
2006-02-14
_ [IT] 使い捨て指輪
今、渋谷・原宿ギャルの間で大ブレイク中！安いのにおしゃれ。
複数付ければリッチな気分で、六本木ヒルズ界隈でも流行！
http://www.atatan.com/a/ring/ring-j.html
何ともチープな雰囲気を醸し出している一品。LEDだったら、もっとキレイかもね。（ついでに電池を仕込んで光らせたりとか）
2006-02-20
_ [IT][bio] タンパク質解析ツールいろいろ
InterProScan
http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/
UniProt、Pfam、PROSITEなどの各種モチーフデータベースを参照し、配列中のモチーフを検索するWebツール。
PSORT
http://psort.hgc.jp/
タンパク質の局在予測ツール。
SignalP
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
シグナルペプチド予測ツール。
TMHMM Server
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
膜貫通領域およびトポロジー（N端が内か外か）の予測ツール。
sc-PDB
http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB/
構造式やLipinskiルールからPDBのリガンド分子を検索するツール。
DrugBank
http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/
薬剤とその標的タンパク質を収載したデータベース。
CASTp
http://sts.bioengr.uic.edu/castp/
立体構造中の活性ポケット探索ツール。PDBのIDから検索できる他に、自分でモデリングしたタンパク質などをサーバにUploadして解析する事もできる。
Catalytic Site Atlas
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/CSA/
触媒部位予測ツール。
_ [news] 堀江メール 偽造説優勢
ホリエモンが武部幹事長の次男の口座へ資金を振り込むように指示したと言うメールについて、ネット上ではヘッダーやなどに不自然な点が多い事から「偽造」との見方が強まっているようだ。
2006-02-21
_ [IT][memo] 「はてなラボ」リリース
はてなの実験的サービスを提供する「はてラボ」（https://www.hatelabo.jp/）がリリース。現在、コミュニティーポータル 「はてなSNS」（http://sns.hatelabo.jp/）と、言葉を並べてみんなと繋がるソーシャル連想辞書サービス「はてなWordLink」（http://wordlink.hatelabo.jp/）のサービスが開始している模様。
2006-02-22
2006-02-23
_ [IT][bio] タンパク質の機能予測ツールとデータベース
P-cats: Prediction of catalytic residues in protein
http://p-cats.hgc.jp/p-cats/
活性残基予測ツール
eF-site: electrostatic-surface of Functional site
http://ef-site.hgc.jp/eF-site/
タンパク質表面形状と物性に関するデータベース
2006-02-24
_ [IT][Ruby] IPA未踏ソフトウェア
報告会を聞きにに行く。どうもプログラマー系のお話が多く、初めて耳にするコトバばかりだったけど。
スゲーと思ったのがTuigwaaだ。Wikiにデータベース機能を加えたよーなものなのだが、Web上から簡単にデータベースのテーブルを作ったり、入力フォームや表示フォームを作ったりできるアプリらしい。Ruby関係では、BioRubyとか、ChemRubyとか、YARVとか、まつもとゆきひろ氏の講演とか、Ruby on Railsとか、かなりディープな内容だった。
Seasarの存在も、今回、初めて知った。
2006-02-25
_ [IT][memo] Chasm理論
昨日のIPA未踏ソフトウェアの講演で、東工大の千葉滋先生が紹介されていたジェフリー・ムーアの「Chasm理論」が面白かった。マーケティングの分野では有名な話なのかもしれないけど。
その理論によれば、技術のライフサイクルには、5つの段階があるとの事。
1.Innovators (ハイテクオタク)・・・開拓者
2.Early Adopters (ビジョン先行派)・・・先駆者
3.Early Majority (「価格と品質重視」派)・・・現実派
4.Late Majority (「みんなが使っているから」派)・・・保守派
5.Laggards (ハイテク嫌い)・・・懐疑派
まず誕生したばかりの新技術に飛びつくのがInnovators 、すなわち「オタク」「人柱」「Geek」と呼ばれる人たちだ。かれらは、「役に立つか」という事は無視し、その技術自体の素晴らしさを評価する人たちである。
次に飛びつくのがEarly Adoptersと呼ばれる人たちである。彼らは技術の実用に興味を持っており、いち早く新しい技術を身に付けて、ライバルと差をつけるための武器とする。いわゆる「目利き」としての能力を兼ね備えた人たちだ。
次の段階がEarly Majorityだ。彼らは、いきなり新技術には飛びつかない。ある程度の実績を上げているのを確かめ、多の似た技術と比較し、品質と全体のコストを勘案した上で採用を決める。きわめて合理的かつ慎重な人々だ。
ここまで技術が成熟すると、Late Majority、すなわち「みんなが使っているから」派が使い出す。
最後のLaggards は、ハイテク嫌いな人。古いものしか信用しない。
そして、これらの段階のうち、2と3の間に一番大きな壁があるというのが「Chasm理論」の要だ。Early Majorityの人たちは、その技術に信頼性が無いと採用しない。しかし、新技術は当然、最初から信頼性があるわけではない。ここにジレンマが生じる。したがって、どんなに良い技術でも、この大きな壁を乗り越えないと成功できないのだ。
そのためには、いきなり広い市場を狙うのではなく、ニッチな市場を各個撃破してマーケットリーダーになる事をめざすと良い。また、チュートリアルなど、ユーザにとって具体的なサンプルコードやシナリオを用意することも重要という内容であった。
2006-02-27
_ [IT][Ruby][Rails] Rails on Cygwin
ウワサのRailsを手元のWindwosマシンで試したかったので、インストールを試みた。Railsは、データベースとも連動しているため、MySQLも併せてインストールする必要がある。MySQLをそのままソースからインストールしようとするとコンパイルでコケるので、Cygwinにはクライアントのみをインストールし、サーバはWindows版を使用する事にした。(参考：Mysql on Cygwin : Masakichi Webpage)
1. MySQL win32のインストール
mysql-5.0.18-win32.zipをダウンロードしてきてインストール。
http://mirror.mysql-partners-jp.biz/Downloads/MySQL-5.0/mysql-5.0.18-win32.zip
ついでに、Win用のGUI管理ツールもインストール。
http://mirror.mysql-partners-jp.biz/Downloads/MySQLAdministrationSuite/mysql-administrator-1.1.9-win.msi
Cygwinのユーザ名で新規ユーザを作成しておく。
2. MySQLクライアントのインストール
ソースファイルmysql-5.0.18.tar.gzをダウンロード。
http://mirror.mysql-partners-jp.biz/Downloads/MySQL-5.0/mysql-5.0.18.tar.gz
解凍し、クライアントのみの設定でconfigureを実行する。
$ tar xvzf mysql-5.0.18.tar.gz $ cd mysql-5.0.18 $ ./configure --prefix=/usr/local/mysql --without-server
一部をコメントアウトし、コンパイル＆インストールを実行。
$ grep -rl "#pragma interface" * | xargs -r sed -i "s/#pragma interface/\/*#pragma interface*\//g" $ make $ make install
/usr/local/mysql/binをPATHに加えておく。
3. mysql-rubyモジュールのインストール
RubyからMySQLを使用するためのモジュールのインストール。
RAA - mysql-ruby-winから、mysql-ruby-2.4.2-1-winpkg.zipをダウンロードしてきて解凍、Cygwinのコマンドラインからインストールを実行。
$ ruby install.rb -n install cygwin/mysql.so => /usr/local/lib/ruby/site_ruby/1.8/i386-cygwin
4. RubyGemsのインストール
Ruby版CPANみたいなヤツを入れておく。
http://rubyforge.org/frs/download.php/5207/rubygems-0.8.11.tgz
$ tar xvzf rubygems-0.8.11.tgz $ cd rubygems-0.8.11 $ ruby setup.rb
5. Railsのインストール
先ほどインストールしたRubyGemsを使って、Railsのインストールを実行。途中、色々と聞かれるが、エンターキー（デフォルト設定）で続行する。
$ gem install rails Attempting local installation of 'rails' Local gem file not found: rails*.gem Attempting remote installation of 'rails' Install required dependency rake? [Yn] Install required dependency activesupport? [Yn] Install required dependency activerecord? [Yn] Install required dependency actionpack? [Yn] Install required dependency actionmailer? [Yn] Install required dependency actionwebservice? [Yn] Successfully installed rails-1.0.0 Successfully installed rake-0.7.0 Successfully installed activesupport-1.2.5 Successfully installed activerecord-1.13.2 Successfully installed actionpack-1.11.2 Successfully installed actionmailer-1.1.5 Successfully installed actionwebservice-1.0.0 Installing RDoc documentation for rake-0.7.0... Installing RDoc documentation for activesupport-1.2.5... Installing RDoc documentation for activerecord-1.13.2... Installing RDoc documentation for actionpack-1.11.2... Installing RDoc documentation for actionmailer-1.1.5... Installing RDoc documentation for actionwebservice-1.0.0...
6. 動作確認
workディレクトリを作り、railsコマンドを実行。WEBrick（スタンドアローンのWebサーバ）を起動してみる。
$ mkdir work $ cd work $ rails demo $ cd demo/ $ ruby script/server => Booting WEBrick... => Rails application started on http://0.0.0.0:3000 => Ctrl-C to shutdown server; call with --help for options [2006-02-27 10:55:36] INFO WEBrick 1.3.1 [2006-02-27 10:55:36] INFO ruby 1.8.4 (2005-12-24) [i386-cygwin] [2006-02-27 10:55:36] INFO WEBrick::HTTPServer#start: pid=2572 port=3000
ブラウザで"http://localhost:3000/"をオープン。以下の画面が出たら成功！
_ [IT][Ruby][Rails] 追記
あっ、ダメだ。コレじゃローカルのMySQLに接続できぬ・・・
Windowsの場合、素直にApache, MySQL4.0, Perl, PHP5 を全て含んだパッケージXMAPPをインストールした方がラクかもね。
2006-02-28
_ [IT][Ruby][Rails] Instant Railsのインストール
Instant Railsは、Ruby、Rails、Apache、MySQLなどが既に設定済みで含まれた、大変に便利なパッケージだ。インストールした直後から、Railsが使えてしまう。現在、Windows版のみとなっているが、将来的にはLinux、OSXもサポートする予定らしい。
では、早速インストール。
1. ファイルのダウンロード
ダウンロードページから、ZIPファイルをダウンロードする。ファイルサイズは36.46 MB。（この記事では、最新版のInstantRails-1.0-final-win.zipを使用）
2. ファイルの解凍
ファイルを解凍する。結構大きい（約126MB）ため、解凍にはかなり時間がかかるので注意。
3. Instant Railsの実行
解凍されたフォルダを適当な場所に置く。このとき、パスにはスペースを含まないように注意する事。InstantRails.exeをダブルクリックすると、Instant Railsがスタートする。
起動直後は、パスの設定変更について聞かれるが、「OK」のボタンを押せばよい。
4. 起動確認
ApacheおよびMySQLと書かれたボタンの横の信号が青になったら準備完了。
5. サンプルアプリの起動
サンプルのcookbookを起動してみよう。
まず、Instant Railsの右端の「I」ボタンから、Configure > Windows Hosts fileを選択。
hostsの設定ファイルがメモ帳で開くので、最後の行辺りに127.0.0.1 www.mycookbook.comと書き加えて上書き保存。
「I」ボタンから、Rails Applications > Manage Rails Applications...を選択。
cookbookのチェックボックスにチェックを入れ、Start SCGIボタンを押す。
ブラウザからhttp://www.mycookbook.comを開く
※補足事項：Skypeとポートが衝突する場合
Apacheが80番ポートを使用する際に、同じく80番ポートを使用しているSkypeと衝突するケースが見られた。
この場合は、Rails使用中はSkypeを停止するか、もしくはApacheのポートを8080番ポートなどを使うように設定する必要がある。Apacheのポート番号を変更するには、Instant Railsの「I」ボタンから、Configure > ApacheでApacheの設定ファイルを開き、「Listen 80」を「Listen 8080」に、「Port 80」を「Port 8080」に書き換え、上書き保存。Instant Railsの「Apache」ボタンからRestartを選択して、Apacheを再起動すれば良い。
Railsのアプリをブラウザから見る場合は、「http://localhost:8080/」の様に、ポート番号を指定して開く事。
_ [IT][Ruby][Rails] 追記：phpMyAdminの日本語環境設定
「Ⅰ」ボタンからConfigure > Database ( via phpMyAdmin )でphpMyAdminを起動した際に、正常に表示されないケースがある。
この時は、Railsをインストールしたフォルダの「phpmyadmin\lang」の中のjapanese-utf-8.inc.phpをメモ帳などで開き、「$charset = 'UTF-8';」を「$charset = 'utf-8';」へと変更すると良いとの事。
情報元：満足せる豚。眠たげなポチ。:簡単Ruby on Railsの決定版？ - Instant Rails -
_ [IT][memo] 未踏ソフト記事
先日、聞きに行った未踏ソフト報告会の記事が、早速、IT Proに。
未踏ソフト，Web-DBシステムをユーザーが簡単に作成できるソフト「Tuigwaa」など4プロジェクトの報告会を開催：IT Pro
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