tetraの外部記憶箱

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2006-02-06

_ [IT][Chem] 「2次元萌え」なツールたち

化合物の分子構造を2次元で描画するのに役立つツールなど。

ACD/ChemSketch : http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html
化学構造式を書くためのソフト。たぶん、アカデミックフリー。同様なソフトでは、MDLのISIS/Draw(http://www.mdli.com/)も有名。簡単な分子ならば、3D変換もできる。

Smi2Depict : http://cdb.ics.uci.edu/CHEMDB/Web/cgibin/Smi2DepictWeb.py
"SMILES"(分子の構造を表記する規則:http://www.daylight.com/smiles/smiles-intro.html)で書かれた分子を2D描画させるためのWebツール。

mol2ps : http://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/mol2ps.html
Molfile/SDfile形式(分子構造を表記するためのフォーマット)で書かれたファイルを読み込み、PostScript形式で2D描画させるためのツール。バッチ処理するのに便利。GPLライセンス。

Babel : http://cdb.ics.uci.edu/CHEMDB/Web/cgibin/BabelWeb.py
Molfile/SDfile形式の化合物ファイルをSMILESに変換するためのWebツール。オープンソースのツールとして、OpenBabel(http://openbabel.sourceforge.net/)もある。

PubChem : http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBIの化合物データベース。最近、FTPサイト(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubchem/Compound/)からデータをダウンロードできるようになったらしい。