tetraの外部記憶箱

_ [IT][Chem] 「３次元萌え」なツールたち

フリーなツールやWebサービスを中心に。

Ligand Depot : http://ligand-depot.rutgers.edu/
リガンド分子からPDBのデータを検索できるWebサービス。化合物名や化学式のほかに、化学構造のクエリーから同じような部分構造を持つ化合物も検索できる。しかし、いつの間にやらPDBのサイトも便利なツールが増えていて驚いた。面白いのが“Ligand Explorer”。PDBの“Chemical Component”→“Ligand Interaction [ View ] ”から立ち上がるのだが、リガンド分子とタンパク質との水素結合情報などを、グラフィカルに表示したり、原子同士の結合距離や結合角を調べたりすることができたりする。

CORINA : http://www2.chemie.uni-erlangen.de/software/corina/free_struct.html
低分子の3次元構造を構築するWebツール。SMILESやJME Dditorなどで構造式を入力すると、予想される構造を構築してくれる。化学構造をフラグメントに分割し、化学的な知識ベースをもとに立体構造や環状構造の配座最適化を行っているらしい。

PyMOL : http://pymol.sourceforge.net/
タンパク質などの立体構造ビューア。使いやすく高機能と専らのウワサ。（オープンソース）