2006-03-03
_ [BioPerl] BioPerl on Cygwin
Cygwinの調子が悪かったので再インストールし、BioPerlを入れなおそうとする。まずは、CPANからBundle::BioPerlをインストール。
$ perl -MCPAN -e shell cpan>install Bundle::BioPerl
これは、すんなりと成功。ところが・・・
$ wget http://bioperl.org/DIST/current_core_stable.tar.gz
$ tar xvzf current_core_stable.tar.gz
$ cd bioperl-1.4
$ perl Makefile.PL
・・・
Checking if your kit is complete...
Looks good
4 [main] perl 3104 C:\cygwin\bin\perl.exe: *** fatal error
- unable to remap C:\cygwin\bin\cygz.dll to same address as parent(0xD90000) != 0xDA0000
6 [main] perl 2732 child_copy: loaded dll bss write copy failed,
0x6BB04000..0x6BB04120, done 0, windows pid 2288016, Win32 error 5
と、コケてしまいアウト・・・
_ [BioPerl] rebase問題
困って色々と調べてみると、こんな情報をハッケン。
rebase問題 (from 電脳Rubyプロダクツ Cygwin binaries)Cygwin で Ruby のプログラムを動かしていると，
... D:\cygwin\bin\ruby.exe: *** unable to remap D:\cygwin\bin\cygssl.dll to same address as parent(0xDF0000) != 0xE00000 ...みたいなメッセージが延々と出力されてどうしようもなくなることがあります．
このようになったときは，そのプログラムを中止し，
$ rebaseallというコマンドを実行してやると回避できます．setup.exe から rebase というパッケージをインストールしておく必要があります．
これはRubyだけで起こる問題ではなく，Cygwin fork() の問題だそうです．詳しくは rebase のドキュメント (/usr/share/doc/Cygwin/rebase-x.x.README) などを見てください．
との情報が。
そこで、rebaseallコマンドを実行してみると・・・
$ rebaseall
rebaseall: only ash processes are allowed during rebasing
Exit all Cygwin processes and stop all Cygwin services.
Execute ash from Start/Run... or a cmd or command window.
Execute '/bin/rebaseall' from ash.
と怒られる。
そこで、一旦、全てのCygwinを止めてから、Windowsのコマンドプロンプトを開き、
> C:\cygwin\bin\ash
と、直接パスでcygwinのashを起動。
$ /bin/rebaseall
を実行してから、再度、perl Makefile.PLを実行してみたら、めでたくMakefileが完成！インストールを続行。
$ make $ make install
※もし、rebaseallで"command not fond"と怒られた場合は、setup.exeからrebaseallをインストールしておく必要があるようです。
2006-03-04
_ [memo] ニフ亭・ぽっどきゃすてぃんぐ落語 公開寄席
http://www.podcastjuice.jp/rakugo/2006/03/post_2ecc.html
一度、聞きにいってみたいですのぉ〜
2006-03-05
2006-03-08
_ [IT][books] 学習とニューラルネットワーク
ヒマ(?)なので、積読状態になっていた本を読み進めている。分量的にも1週間程度で読み終わる内容。ニューラルネットの入門書としては、いちばん取り組みやすい本かもしれない。Cで書かれたプログラムソースも記載されているので、自分で実際にプログラムを書いて確かめられるのも良い。ただし、誤植が何箇所かあるので、注意を要する。
_ [IT] LL侍
LL侍こと早川くんの映像がこんな所に！！
Don'tStopMusic(2004-08-13):[イベント] LL 侍
実は、彼は高校時代の親友で、一緒に化学部で実験をしていた仲だ。（彼が部長で、僕は書記）高校卒業後、部活のOB会で2回くらい会ったことがあったが、ここ数年は全く疎遠になっており、その後の彼の足跡については、「ライブドアに入社した」という噂を最後にあまり知らない。（最近、mixiで発見）
当時の彼は、高校の化学教師でさえ舌を巻くほどの「化学少年」であり、放課後になると、いつも化学実験室でアヤシゲな実験に明け暮れていたものだ。とても独特な雰囲気を持つ青年だったが、笑いを取る方に走っていたとはねぇ〜（笑）
_ [EMBOSS][Cygwin] CygwinでEMBOSSがコンパイルできなくなった件
CygwinにEMBOSSを入れなおしていたら、コンパイルで失敗してしまう。
$ make ・・・ ajfile.c: In function `ajFileBuffNewDW': ajfile.c:3067: error: structure has no member named `d_ino' ajfile.c: In function `ajFileBuffNewDWE': ajfile.c:3158: error: structure has no member named `d_ino' ajfile.c: In function `ajFileNewDW': ajfile.c:3310: error: structure has no member named `d_ino' ajfile.c: In function `ajFileNewDWE': ajfile.c:3399: error: structure has no member named `d_ino' ajfile.c: In function `ajFileScan': ajfile.c:5163: error: structure has no member named `d_ino' make: *** [ajfile.lo] エラー 1
ソース（ajax/ajfile.c）を見比べてみると、どうやらreaddirの構造体へのポインタ'd_ino'が存在しないというエラーらしい。
そこで、readdirのManpageを見ると・・・
readdir() 関数は、dir の指すディレクトリストリームの中で、 次のディレクトリエントリを表す dirent 構造体へのポインタを返す。
ファイルの最後に達した場合やエラーが発生した場合は NULL を返す。
Linux では dirent 構造体は以下のように定義されている:struct dirent { ino_t d_ino; /* inode 番号 */ off_t d_off; /* 次の dirent へのオフセット */ unsigned short d_reclen; /* このレコードの長さ */ unsigned char d_type; /* ファイル種別 */ char d_name[256]; /* ファイル名 */ };
Cygwinの該当ライブラリ（/usr/include/sys/dirent.h）を参照してみると・・・
ino_t __invalid_d_ino; /* DO NOT USE: No longer available since cygwin 1.5.19 */
とある。どうやら、Cygwin 1.5.19以降では“d_ino”が廃止されて“__invalid_d_ino”に置き換わっているのが原因っぽい。そこで強引だが、“ajax/ajfile.c”および“ajax/ajfile.c”の“d_ino”を“ino_t d_ino”に置換し、無理やりコンパイルを実行。
$ mv ajax/ajfile.c ajax/ajfile.bak $ mv nucleus/embdbi.c nucleus/embdbi.bak $ perl -pe 's/d_ino/__invalid_d_ino/g' ajax/ajfile.bak > ajax/ajfile.c $ perl -pe 's/d_ino/__invalid_d_ino/g' nucleus/embdbi.bak > nucleus/embdbi.c $ make
これで、コンパイルが通った。
※追記：この問題は、bugfixを適用すれば解決するみたいです。(2006/3/10)
2006-03-09
_ [EMBOSS][Cygwin] CygwinでHMMERがコンパイルできない件
EMBASSY(EMBOSS本体とは別パッケージで提供されているプログラム群)に含まれているHMMER-2.1.1をCygwin 1.5.19でコンパイルしようとしていたら、また怒られた。
$ make ・・・ sqio.c:239: error: conflicting types for 'getline' /usr/include/sys/stdio.h:31: error: previous declaration of 'getline' was here make[1]: *** [sqio.lo] エラー 1 make[1]: Leaving directory `/usr/local/src/EMBOSS-3.0.0/embassy/HMMER-2.1.1/src' make: *** [all-recursive] エラー 1
どうやら、“sqio.c”の中にある関数“getline()”が、“stdio.h”とダブっているのが良くないようだ。そこで、HMMERの方の“getline()”の名前を置換してみたら、コンパイルが通った。
$ mv src/sqio.c src/sqio.bak $ perl -pe 's/getline/get_line/g' src/sqio.bak > src/sqio.c $ make
その他のEMBASSYパッケージに関しては、Cygwinでも問題なくコンパイルできる事を確認。
_ [IT][Perl] CPANは、何て読む？
古いネタらしいのだけど、面白かったので取り上げてみる。
CPANとは、Perlのモジュールの依存関係を調べて自動でダウンロード・インストールするライブラリの事。“Comprehensive Perl Archive Network ”を略して“CPAN”と称するらしいのだが、この略称の読み方については、「しーぱん」派と「くぱん」派があり、2003〜2004年くらいにかけて、Perl界を二分する熾烈な抗争を繰り広げていたらしい。
「しーぱん」なのか「くぱん」なのかハッキリさせよう - にぽたん研究所
続・「しーぱん」なのか「くぱん」なのかハッキリさせよう - にぽたん研究所
どうやら事の発端は、LL侍こと早川氏（僕の高校時代の親友）が「くぱん」派の首謀者らしいとの事。
僕は、ずっと「しーぱん」と呼んでいたけど、早川くんのファンなので、これからは「くぱん」と呼ぶことにしようかな（笑い）
2006-03-10
_ [EMBOSS][Cygwin] bugfix
CygwinでEMBOSSがコンパイルできなくなった件について、どうやらfixを適用すれば良いらしい。 bugfixされたファイルは、ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/fixes/に入っている。早速、READMEを読んでみると、Cygwinでは以下のファイルをリプレースしてくれとの事。
Fix 4. EMBOSS-3.0.0/ajax/ajfile.c
EMBOSS-3.0.0/nucleus/embdbi.c
This fixes a problem with CYGWIN >= 1.5.19 whereby d_ino is now
an invalid dirent entry.
ついでなので、他のfixファイルも一緒にリプレースし、makeできる事を確認。
2006-03-13
_ [IT][news] 愛媛県警「ウィニー使いません」
愛媛県警警部（42）の私用のパソコンから捜査資料がインターネットに流出した問題で、県警は10日、全職員約2700人にウィニーなどのファイル交換ソフトを使わないなどとする誓約書を書かせると発表した。
警部は調べに「音楽や画像をダウンロードしたかった」と話し、わいせつ画像を取り込んでいたことも認めた。県警は、内容次第で著作権法違反に当たる可能性があるとみて調べている。（以下略）
いや、そーゆー問題じゃないよーな・・・
だいたい、セキュリティーパッチの適用を怠り、ワクチンソフトを使わずにネットに接続し、捜査資料の入っているPCでWinnyを使用し、あまつさえダウンロードした実行ファイルを何のためらいも無くクリックしてしまうようなヤツは、他のウイルスにも容易に感染しそうだぞ。まずは、セキュリティーの初歩から教育しなおさないといけない。
ウィニーの開発者の47氏が「著作権法違反幇助」で逮捕されたのに、続々と発覚している警察の身内の「著作権違法」はお咎め無しとは、これいかに？
2006-03-14
_ [IT][news] 火星の地図検索サービス「Google Mars」スタート
月（Google Moon）に続いて、火星の地図もGoogleで。おもわず、人面岩やニコチャンマークを探してみたくなったり（笑）
この他に、Google社では以下のドメインを全て取得しているらしく、太陽系征服をたくらんでいるらしい（嘘）
Planets:
GoogleMercury .com .net .org .info
GoogleVenus .com .net .org .info
GoogleEarth .com .net .org .info (already released of course)
GoogleMars .net .org .info (.com currently owned by another party)
GoogleJupiter .com .net. org . info
GoogleSaturn .com .net .org .info
GoogleUranus .com .net .org .info
GoogleNeptune .com .net .org .info
GooglePluto .com .net .org .info
Possible Project Names:
GoogleGalaxy .com .net .org .info
GoogleGalactic .com .net .org .info
GoogleUniverse .net .org .info (.com currently owned by another party)
GoogleSatellite .com .net .org .info (created earlier on 4/08/05)
GoogleSolarSystem .com .net .org .info
ネタ元：./J、Googleによる太陽系制覇計画「Google Galaxy」の全貌(GIGAZINEにゅーすせんたー)、Googlist: Google Galaxy Starts with Mars
2006-03-15
_ [IT][words] フォークソノミー（folksonomy）
「ソーシャルブックマーク」（SBM）について調べている中で出てきた言葉。
フォークソノミー【folksonomy】(folks(民衆)とtaxonomy(分類学)の合成語)
多数の人々が思い思いに入力した情報に基づく、ネットワーク的かつフラットな情報の構造。諸概念を階層的に組織する従来の分類学的発想に対して言う言葉。
del.icio.usやflickrが実現しているとされる。
＊従来の「folk taxonomy」(民族分類)とは概念が違う。
・・・・・はてなダイアリー - フォークソノミーとはより
フォークソノミーの利点
1．カテゴリ作成・メンテナンスの負荷が分散される
2．分類体系の作成視点と利用視点との間に「ずれ」ができない
3．オンラインでの動向と分類項目作成との間に時間差が生じない
2006-03-17
_ [log] tDiaryを2.0系→2.1へ
と言うのも、はてなブックマークへ追加するプラグインadd_bookmark.rbを導入したかったので。
_ [tDiary] tDiaryに「このエントリーを含むブックマーク」ボタンを付けるプラグイン
tDiaryのサブタイトルの横に、該当記事のエントリーを含む"はてなブックマーク"へのリンクを作るプラグインを作ってみました。add_bookmark.rbにインスパイヤされて作った、初めてのtDiaryプラグインですｗ
http://tetralog.in/t/hatena_entry_rb.txt
たぶん、「tDiary2.1 以降」じゃないと動きません。通常のプラグインと同様に、上記のファイルを"misc/plugin"以下に「hatena_entry.rb」という名前で置き、プラグインの設定でオンにして下さい。
2006-03-18
2006-03-23
_ [bio] Ambion Webinar
本日10時より。
・講演内容：microRNAとヒトの癌との関係と、microRNA解析用ツール
・日程: 2006年3月23日（木） 午前10時〜11時
・講演者: Ginger Zara (Ambion Technical Service)
・詳細・登録：http://www.ambion.co.jp/techlib/webcasts/miRNA/0603_AU.html
_ あれ？
参加できないぞ・・・
_ [bio][books] 実践バイオインフォマティクス プログラミング
積読になっていたが、BioPerlとBioRubyの項についてだけ目を通し終わる。
「実践」と題されているわりには実践的じゃないけど、入門書もしくはAPIの手引書として使うには良い本。ドライ系の方には常識なのかもしれないが、Eclipseによる開発やSubversionによるバージョン管理ついても懇切丁寧に解説がなされており、とりわけウェット系から入った方には、この当たりの知識も役に立つと思う。
2006-03-24
_ [Cygwin][R] R on Cygwin
以前に挫折したR＋Cygwin環境の構築に関して有用な情報を発見したので、再チャレンジ。
ポイントは、以下の通り。
- Rのインストール先をCygwinと同一にする事。
- Rの設定ファイル（Rconsole）をホームディレクトリに置いておく。
- Rterm.exeを使う場合には、文字コードをShift-jisにする事。ターミナルにrxvtを使っているのであれば、「$ rxvt -km sjis」とするか、“.Xdefaults”辺りに「Rxvt.multichar_encoding: sjis」と書き込んでおく。
もっとも、GUIを使う関数も多いので、Rgui.exeを使ったほうがトラブルが少ないかも。
2006-03-26
_ [IT][log] サーバー不調
自宅でファイルサーバとして使っていた無音マシン（EPIA-SP 8000E）が、先日、カーネルパニックを起こしてしまったので、OSを再インストール中。ついでなので、先日リリースしたばかりのFC5を入れようかと思ったのだけど、どうもインストール中にマシンがフリーズしてしまう。ROMからの読み出しでエラーが生じるので、CDドライブの不調かと思ってドライブを交換してみたが、またしてもトラブルが再現。Debianでも試してみたが、ベースシステムのインストール中にエラーが起こって止まってしまう。
他に考えられる原因といったら、IDEケーブルかなぁ。HDDやマザーボードも疑ってみた方が良いかも・・・。
2006-03-27
2006-03-29
_ [memo] 温故知新
探してみると、色々と面白いモノが見つかるなぁ〜(科学史的に)
副腎の主成分アドレナリンに就て 高峰 譲吉（東京化學會誌, Vol.23 (1902) , No.5 pp.416-425）
本邦産粘菌類目録 南方 熊楠（植物学雑誌, Vol.22 (1908) , No.260 pp.317-323）
音楽小引 寺田 寅彦（Tokyo Sugaku-Butsurigakukwai Kiji-Gaiyo, Vol.2 (1903) , No.20 pp.312-315）
2006-03-30
_ [open-bio] GGobi
オープンソースの高次元データ視覚化ソフトウェアらしい。Rと連動可。
[連載]フリーソフトによるデータ解析・マイニング 第8回 GGobiとデータの視覚化
Visualization of comparative genomic analyses by BLAST score ratio. Rasko DA, Myers GS, Ravel J.
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