2006-03-09
_ [EMBOSS][Cygwin] CygwinでHMMERがコンパイルできない件
EMBASSY(EMBOSS本体とは別パッケージで提供されているプログラム群)に含まれているHMMER-2.1.1をCygwin 1.5.19でコンパイルしようとしていたら、また怒られた。
$ make ・・・ sqio.c:239: error: conflicting types for 'getline' /usr/include/sys/stdio.h:31: error: previous declaration of 'getline' was here make[1]: *** [sqio.lo] エラー 1 make[1]: Leaving directory `/usr/local/src/EMBOSS-3.0.0/embassy/HMMER-2.1.1/src' make: *** [all-recursive] エラー 1
どうやら、“sqio.c”の中にある関数“getline()”が、“stdio.h”とダブっているのが良くないようだ。そこで、HMMERの方の“getline()”の名前を置換してみたら、コンパイルが通った。
$ mv src/sqio.c src/sqio.bak $ perl -pe 's/getline/get_line/g' src/sqio.bak > src/sqio.c $ make
その他のEMBASSYパッケージに関しては、Cygwinでも問題なくコンパイルできる事を確認。
_ [IT][Perl] CPANは、何て読む?
古いネタらしいのだけど、面白かったので取り上げてみる。
CPANとは、Perlのモジュールの依存関係を調べて自動でダウンロード・インストールするライブラリの事。“Comprehensive Perl Archive Network ”を略して“CPAN”と称するらしいのだが、この略称の読み方については、「しーぱん」派と「くぱん」派があり、2003〜2004年くらいにかけて、Perl界を二分する熾烈な抗争を繰り広げていたらしい。
「しーぱん」なのか「くぱん」なのかハッキリさせよう - にぽたん研究所
続・「しーぱん」なのか「くぱん」なのかハッキリさせよう - にぽたん研究所
どうやら事の発端は、LL侍こと早川氏(僕の高校時代の親友)が「くぱん」派の首謀者らしいとの事。
僕は、ずっと「しーぱん」と呼んでいたけど、早川くんのファンなので、これからは「くぱん」と呼ぶことにしようかな(笑い)