tetraの外部記憶箱

最新 追記
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2006-07-02

_ [IT][log] 復帰

updateをかけた後、ずっと駄々をこねていたマシンが、ようやく再起。ダイアリーを含むHPは定期的にバックアップをとるようにしているので、なんとか全滅は避けられたけど、バックアップ先が、一応、パーティションは切っているとはいえ、同じHDDだからなぁ・・・バックアップ先を見直さないといけないなぁ・・・。


2006-07-04

_ [log][linux] MRTGでハードディスクの温度をグラフ化

@IT:MRTGでハードディスクの温度変化をグラフ化するにはを参考に、締めっきりの部屋で稼動しているマシンのハードディスクの温度変化を観測してみることにした。ちなみに、当方の環境はFedora Core 5 + Maxtor 6Y160P0だ。

まず、ハードディスクの温度を測定するツールhddtempをインストール。

# yum install hddtemp

ためしに温度を測定してみると・・・

$ hddtemp /dev/hda
/dev/hda: Maxtor 6Y160P0: 46°C

と表示される。この数値をMRTGへ渡してあげるのだ。MRTGをインストールしよう。

# yum install mrtg

/etc/mrtg/mrtg.cfgファイルを下記のように編集する。

Target[hddtemp]: `/usr/sbin/hddtemp /dev/hda | awk '{print $4}' | sed -e 's/[^0-9]//g'`
MaxBytes[hddtemp]: 100
Title[hddtemp]: temperature of hard drive
PageTop[hddtemp]: <h1&rt;temperature of hard drive</h1&rt;
Options[hddtemp]: growright,absolute,gauge,nopercent,noinfo
WithPeak[hddtemp]: ymw
YLegend[hddtemp]: Temperature
ShortLegend[hddtemp]: C
LegendI[hddtemp]: Temp:
LegendO[hddtemp]:
Legend1[hddtemp]: HDD Temperature in Degrees Celcius
Legend2[hddtemp]:

※ ちなみに、上記のサイトでは、Targetのコマンドが/usr/sbin/hddtemp /dev/hda | awk '{print $3}'となっていたが、当方の環境ではダメだった。

初期設定では、http://PCのIPアドレス/mrtg/hddtemp.htmlにグラフページが作成される(イントラからのみ閲覧可能になっている。変えたい場合は、/etc/httpd/conf.d/mrtg.confを編集のこと)。MRTGはデフォルトで5分おきに更新されるので、もし表示されなかったらしばらく置いてからアクセスしてみよう。

ちなみに、このWebサーバの温度は→こちらから



2006-07-17

_ [memo] デジタル化終了

地上デジタル対応のHDDレコーダーを購入。ところが、今住んでいるアパートの共同アンテナ線(たぶんCATV)からは、地上デジの信号がとれない!

そこで、ダメ元でアンテナを設置してみることにした。ヨドバシで\2,000程度で売られていたUHF専用アンテナ(日本アンテナ・AU-5-SP)を購入し、自宅のベランダに設置。

本当は東京タワーの方向へ向けるべきなんだろうけど、方向がわからないので、その辺りは適当に。なんか逆っぽいけど、あっさり受信できた。都内なら、室内アンテナでも上手くいったかもしれない・・・。

次は、BSデジタル用のパラボラアンテナでも設置してみようかな。

受信状況(くもり) 2006/7/17 14:30
物理Ch                アンテナレベル(最大)
27ch NHK総合・東京      65
26ch NHK教育・東京      67
25ch 日本テレビ         69
24ch テレビ朝日         68
23ch テレビ東京         69
22ch TBS           68
21ch フジテレビ         64
20ch 東京MXテレビ       63


2006-07-18

_ [bio][EMBOSS] EMBOSS 4.0.0 リリース!

EMBASSYでVienna RNA packageにも対応した模様。動作確認情報も募集しています。

公式アナウンス→http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2006-July/002569.html

JAMBO ML→http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/jambo-users/2006/000054.html

_ [bio] RefSeq Release 18

こちらもリリースされたらしい。注目すべきは、miRBaseのアノテーションが付加されるようになるとの事。

例:

For an example microRNA record see:
  GeneID: 406881
  Accession: NT_008470.18, coordinates 4259444..4259523
microRNAs are annotated as a misc_RNA - for example:
// misc_RNA 4259444..4259523 /product="microRNA:MIRNLET7A1" /note="Data source:miRBase" /citation=[PUBMED 11679670] /citation=[PUBMED 12554860] /citation=[PUBMED 14573789] /citation=[PUBMED 15183728] /citation=[PUBMED 15325244] /db_xref="GeneID:406881" /db_xref="HGNC:31476" /db_xref="miRBase:MI0000060" //

公式アナウンス→http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/refseq-announce/2006q3/000032.html

_ [bio] Nucl. Acids Res. Web Server issue 2006

出た模様→http://nar.oxfordjournals.org/content/vol34/suppl_2/index.shtml?etoc

リンク集→http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/narweb2006/

かなりの数があり、全て目を通せないので、例によってアレゲ方面だけピックアップ。

Tobias Dezulian, Martin Schaefer, Roland Wiese, Detlef Weigel, and Daniel H. Huson
CrossLink: visualization and exploration of sequence relationships between (micro) RNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W400-W404
RNA同士の関係をビジュアルに表示するツール。BLAST、Vmatch、RNAhybridなどのツールで相同性があったもの同士をノードで結合し、グラフとして表示する。miRNAなどのセンス・アンチセンス関係を見るのに便利。
URL:http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software
Oranit Dror, Ruth Nussinov, and Haim J. Wolfson
The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures
Nucl. Acids Res. 2006 34: W412-W415
PDB形式のRNAの立体構造から、共通の部分構造を見つけてくるツール。
URL:http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/ARTS/
Yanga Byun and Kyungsook Han
PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures
Nucl. Acids Res. 2006 34: W416-W422
RNAの2次構造やシュードノット構造をビジュアルに表示・操作するためのツール。(ただ表示するだけ。予測はしない!)
URL:http://pseudoviewer.inha.ac.kr/
Tzu-Hao Chang, Hsien-Da Huang, Tzu-Neng Chuang, Dray-Ming Shien, and Jorng-Tzong Horng
RNAMST: efficient and flexible approach for identifying RNA structural homologs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W423-W428
RNAの2次構造をクエリーとして、あらかじめ予測されたRNA2次構造データベースをサーチするツールっぽい。
URL:http://bioinfo.csie.ncu.edu.tw/~rnamst/
Hsi-Yuan Huang, Chia-Hung Chien, Kuan-Hua Jen, and Hsien-Da Huang
RegRNA: an integrated web server for identifying regulatory RNA motifs and elements
Nucl. Acids Res. 2006 34: W429-W434
入力したmRNA配列に対して、UTR領域やスプライシング部位、miRNAターゲット部位などのモチーフを探しだすためのツール。
URL:http://regrna.mbc.nctu.edu.tw/
Yuki Naito, Kumiko Ui-Tei, Toru Nishikawa, Yutaka Takebe, and Kaoru Saigo
siVirus: web-based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences
Nucl. Acids Res. 2006 34: W448-W450
antiviralなRNAi配列のデータベース。オフターゲットやミューテーションの激しい部位を避けつつ、デザインしたもの。HIV、HCV、SARS、インフルエンザなどがリストアップされている。
URL:http://sivirus.rnai.jp/
Jan Krüger and Marc Rehmsmeier
RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible
Nucl. Acids Res. 2006 34: W451-W454
microRNAのターゲット予測ツールRNAhybridがバージョンアップ。
URL:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid
Jin-Wu Nam, Jinhan Kim, Sung-Kyu Kim, and Byoung-Tak Zhang
ProMiR II: a web server for the probabilistic prediction of clustered, nonclustered, conserved and nonconserved microRNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W455-W458
クエリーの配列からmiRNAを見つけるツール。クラスタとしてコードされているのかどうかも、併せて予測。
URL:http://cbit.snu.ac.kr/~ProMiR2/

_ [EMBOSS] EMBOSS on Fedora Core 5

ajacdがコンパイルできず・・・・ ← yum update、再起動後に再コンパイルしてみたら、うまく行った。

_ [EMBOSS] EMBOSS on SUSE Liunux 10

こちら(kernel version 2.6.13、gcc version 4.0.2)では、コンパイルできた。

_ [EMBOSS] EMBOSS on Cygwin 1.5.19

こちらもfixせずに、一発でコンパイル成功!

_ [bio] Vienna RNA Package on Cygwin

インストールしようとしたら、以前、EMBASSYのHMMER-2.1.1をインストールした時と同じようなトラブルに見舞われる。

$ make
・・・
main.c:30: error: conflicting types for 'getline'
/usr/include/sys/stdio.h:31: error: previous declaration of 'getline' was here
make[4]: *** [main.o] Error 1
make[4]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[3]: *** [all-recursive] Error 1
make[3]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1'
make: *** [all] Error 2

以前と同じ手法でこの問題を回避したところ、コンパイルに成功!

$ mv Kinfold/main.c Kinfold/main.bak
$ perl -pe 's/getline/mygetline/g' Kinfold/main.bak > Kinfold/main.c
$ make
$ make install

ちなみに、EMBOSS-4.0.0に含まれているHMMER-2.3.2では、getline問題は解決済みの模様。


2006-07-19

_ [bio][EMBOSS] Pise

各種分子生物関連プログラムのWebインターフェイスらしい。EMBOSSをはじめ、Blast、Fasta、clustalw、Genscan、mfold、Vienna package、Phylip、HMMERなどなど、手広く対応。

http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/Pise/

_ [win][linux] Virtual PCが無料化へ

ITmediaによると、WindowsマシンにバーチャルなOSを複数走らせる事の出来るVirtual PC 2004が無償化した模様。さっそく、WindowsとLinuxの共用化を試してみようかな。


2006-07-20

_ [win][linux][Virtual PC] Fedora Core 5 on Virtual PC

用意するもの。

手順は簡単。まず、Virtual PCをマシンにインストール。スタートメニューよりMicrosoft Virtual PCを起動する。すると、新しいバーチャルマシンの作成ウィザードが始まるので、流れに沿ってバーチャルマシンを作成。メモリ容量は適当に確保し、バーチャルハードディスクオプションでは「新しいバーチャルハードディスク」を選択する。(このあたりの詳しい手順は、ITmdediaの記事参照)

すると、Virtual PC コンソールに何もOSがインストールされていないバーチャルマシンが作成されるので、こいつをクリック。当然、「ブートできないよ」と怒られるが、ここでメニューバーの「CD->CDイメージのキャプチャ」を選択して、FC5のインストールディスクのISOイメージを選択してあげる。あとは、フツーのLinuxをインストールするのと同じ流れですすめる。

ところが、Linuxのインストールが終わり、X Windowを起動させたところ、ここで問題発生。ぐちゃぐちゃに崩れた。そこで、「xorg.confを編集する必要がある」という情報をもとに、一度、テキストモードで起動させてみる。

まず、ブートローダーが立ち上がった時点で「a」キーを押し、

kernel/nmlinuz-2.x x-x.xxx ro root=LABEL=/rhgb quiet

という起動オプションを

kernel/nmlinuz-2.x x-x.xxx ro root=LABEL=/rhgb quiet 3

と書き換えてから起動。

viエディタで/etc/X11/xorg.confを開き、DefaultDepthとDepthを24から16に書き換えて保存。そして再起動。これでX Windowの起動にも成功!(このあたりの細かな設定は、環境によって違うかもしれない)

Fedora Core 5

_ [win][linux] その他のディストリビューション

DebianはXが起動せず、Knoppixは低解析度でのみ起動。設定をいじれば、なんとかいくのかもしれないけど、めんどい。VineはFedoraのxorg.confを読み込ませることでXが起動したが、USBマウスが使えず・・・

本日のツッコミ(全2件) [ツッコミを入れる]

_ ありがとうございました [私だけのエラーじゃないかとびくびくしながら調べていたのですが、このHPのお陰で見事にGUI環境で動作させることが出来..]

_ テトラ@管理人 [コメントありがとうございます。お役に立てて幸いです(^^)]


2006-07-21

_ [news] 「昭和天皇メモ」の真贋論争の行方

日経新聞の報じるところによると、この「昭和天皇メモ」は昭和天皇が「当時の宮内庁長官、富田朝彦氏(故人)に語っていた」富田氏のメモらしい。ただ、テレビなどで映し出されたメモの映像を見ると、どうもしっくりとこない点がいくつかある。ネット上でもこのメモの真偽をめぐって、諸説飛び交っている様子。

どこにも昭和天皇の言葉であるとは書かれていない

公表されているメモには、「私」が語ったこととして書かれているが、この「私」が誰であるのかは書かれておらず、文脈的にヘン。

インクの色が左右で違う

左側は黒っぽいインクで書かれている。「ブルーブラック」インキで書かれた文字は、経年変化でこのような色になるのだそうだ。(インク研究会)ところが問題の右側のページは、まだ青い色が鮮やかに残っており、書いてから日が浅いように見える。左右のページで、書かれた時間にかなり長いタイムラグがあるのではないか?

藤尾元文相の就任期間が一致しない

藤尾正行の文相在任期間は1986年7月22日〜9月8日まで。「藤尾(文相)」との表現は、おかしいのではないか?

このほか、この「私」の発言が徳川侍従長の主張とそっくりであり、日付もちょうど徳川義寛氏が侍従長を勇退される時期と重なることから、「徳川元侍従長の退任会見のメモじゃないか説」も提示されているようだ。ん〜、まぁ現段階では証拠がこの手帳に貼り付けられた紙片だけだからなぁ〜、なんとも判断しかねない・・・。日経サン、ちゃんと裏とってんのかいな?


2006-07-27

_ [photo] 調布市花火大会

先週末、花火を見に行きましたんで、その時の写真をアップ。

続きはこちらからどうぞ→調布市花火大会(2006.7.23)

調布市花火大会


2006-07-31

_ [books] 管仲

comment comment

「管鮑の交わり」で知られる、春秋時代の宰相・管仲と鮑叔の物語。登場人物の描写が実に生き生きとしていてすばらしい!いろいろと示唆に富んだエピソードも多く、学ぶところも多し。

_ [movie] ゲド戦記

先日、封切になったばかりのジブリ映画『ゲド戦記』を見てきたが、これはヒドイ(苦笑)

さすがに、ジブリ作品とあって映像や音楽は良いのだけれど、どうも説明不足な部分が多すぎる。「いったい、クモ(悪者の魔女)とゲドとの関係は?」とか、「なぜ、アレンは父親を殺したのか?」とか、原作を知らないものには疑問ばかりが残ってしまう。まぁ、あまり説明的になりすぎてもつまらなくなってしまうが、せめて作品の世界観について必要最低限の情報を観客に提示すべきだったろう。

声優陣についても、かなり問題が多い。ハイタカ(ゲド)を演じる菅原文太の演技力はさすがであるが、ヒロインのテルーは、ほとんど棒読み。なんでジブリは、ここまでして素人の声優を起用したがるのだろうか?