tetraの外部記憶箱

_ [bio][EMBOSS] EMBOSS 4.0.0 リリース！

EMBASSYでVienna RNA packageにも対応した模様。動作確認情報も募集しています。

公式アナウンス→http://lists.open-bio.org/pipermail/emboss/2006-July/002569.html

JAMBO ML→http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/jambo-users/2006/000054.html

_ [bio] RefSeq Release 18

こちらもリリースされたらしい。注目すべきは、miRBaseのアノテーションが付加されるようになるとの事。

例：

For an example microRNA record see:
  GeneID: 406881
  Accession: NT_008470.18, coordinates 4259444..4259523

microRNAs are annotated as a misc_RNA - for example:

//
     misc_RNA        4259444..4259523
                     /product="microRNA:MIRNLET7A1"
                     /note="Data source:miRBase"
                     /citation=[PUBMED 11679670]
                     /citation=[PUBMED 12554860]
                     /citation=[PUBMED 14573789]
                     /citation=[PUBMED 15183728]
                     /citation=[PUBMED 15325244]
                     /db_xref="GeneID:406881"
                     /db_xref="HGNC:31476"
                     /db_xref="miRBase:MI0000060"
//

公式アナウンス→http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/pipermail/refseq-announce/2006q3/000032.html

_ [bio] Nucl. Acids Res. Web Server issue 2006

出た模様→http://nar.oxfordjournals.org/content/vol34/suppl_2/index.shtml?etoc

リンク集→http://bioinformatics.ubc.ca/resources/links_directory/narweb2006/

かなりの数があり、全て目を通せないので、例によってアレゲ方面だけピックアップ。

Tobias Dezulian, Martin Schaefer, Roland Wiese, Detlef Weigel, and Daniel H. Huson
CrossLink: visualization and exploration of sequence relationships between (micro) RNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W400-W404
RNA同士の関係をビジュアルに表示するツール。BLAST、Vmatch、RNAhybridなどのツールで相同性があったもの同士をノードで結合し、グラフとして表示する。miRNAなどのセンス・アンチセンス関係を見るのに便利。
URL:http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software

Oranit Dror, Ruth Nussinov, and Haim J. Wolfson
The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures
Nucl. Acids Res. 2006 34: W412-W415
PDB形式のRNAの立体構造から、共通の部分構造を見つけてくるツール。
URL:http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/ARTS/

Yanga Byun and Kyungsook Han
PseudoViewer: web application and web service for visualizing RNA pseudoknots and secondary structures
Nucl. Acids Res. 2006 34: W416-W422
RNAの2次構造やシュードノット構造をビジュアルに表示・操作するためのツール。（ただ表示するだけ。予測はしない！）
URL:http://pseudoviewer.inha.ac.kr/

Tzu-Hao Chang, Hsien-Da Huang, Tzu-Neng Chuang, Dray-Ming Shien, and Jorng-Tzong Horng
RNAMST: efficient and flexible approach for identifying RNA structural homologs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W423-W428
RNAの2次構造をクエリーとして、あらかじめ予測されたRNA2次構造データベースをサーチするツールっぽい。
URL:http://bioinfo.csie.ncu.edu.tw/~rnamst/

Hsi-Yuan Huang, Chia-Hung Chien, Kuan-Hua Jen, and Hsien-Da Huang
RegRNA: an integrated web server for identifying regulatory RNA motifs and elements
Nucl. Acids Res. 2006 34: W429-W434
入力したmRNA配列に対して、UTR領域やスプライシング部位、miRNAターゲット部位などのモチーフを探しだすためのツール。
URL:http://regrna.mbc.nctu.edu.tw/

Yuki Naito, Kumiko Ui-Tei, Toru Nishikawa, Yutaka Takebe, and Kaoru Saigo
siVirus: web-based antiviral siRNA design software for highly divergent viral sequences
Nucl. Acids Res. 2006 34: W448-W450
antiviralなRNAi配列のデータベース。オフターゲットやミューテーションの激しい部位を避けつつ、デザインしたもの。HIV、HCV、SARS、インフルエンザなどがリストアップされている。
URL:http://sivirus.rnai.jp/

Jan Krüger and Marc Rehmsmeier
RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible
Nucl. Acids Res. 2006 34: W451-W454
microRNAのターゲット予測ツールRNAhybridがバージョンアップ。
URL:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid

Jin-Wu Nam, Jinhan Kim, Sung-Kyu Kim, and Byoung-Tak Zhang
ProMiR II: a web server for the probabilistic prediction of clustered, nonclustered, conserved and nonconserved microRNAs
Nucl. Acids Res. 2006 34: W455-W458
クエリーの配列からmiRNAを見つけるツール。クラスタとしてコードされているのかどうかも、併せて予測。
URL:http://cbit.snu.ac.kr/~ProMiR2/

_ [EMBOSS] EMBOSS on Fedora Core 5

ajacdがコンパイルできず・・・・ ← yum update、再起動後に再コンパイルしてみたら、うまく行った。

_ [EMBOSS] EMBOSS on SUSE Liunux 10

こちら（kernel version 2.6.13、gcc version 4.0.2）では、コンパイルできた。

_ [EMBOSS] EMBOSS on Cygwin 1.5.19

こちらもfixせずに、一発でコンパイル成功！

_ [bio] Vienna RNA Package on Cygwin

インストールしようとしたら、以前、EMBASSYのHMMER-2.1.1をインストールした時と同じようなトラブルに見舞われる。

$ make
・・・
main.c:30: error: conflicting types for 'getline'
/usr/include/sys/stdio.h:31: error: previous declaration of 'getline' was here
make[4]: *** [main.o] Error 1
make[4]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[3]: *** [all-recursive] Error 1
make[3]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1/Kinfold'
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1'
make: *** [all] Error 2

以前と同じ手法でこの問題を回避したところ、コンパイルに成功！

$ mv Kinfold/main.c Kinfold/main.bak
$ perl -pe 's/getline/mygetline/g' Kinfold/main.bak > Kinfold/main.c
$ make
$ make install

ちなみに、EMBOSS-4.0.0に含まれているHMMER-2.3.2では、getline問題は解決済みの模様。