tetraの外部記憶箱

最新 追記
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2007-01-04

_ [bio][database][RNA] Nucl. Acids Res. Database issue 2007

毎年恒例のヤツが出てますね。

http://nar.oxfordjournals.org/content/vol35/suppl_1/

例によって、アレゲ関連だけピックアップ。

Lei Bao, Mi Zhou, Ligang Wu, Lu Lu, Dan Goldowitz, Robert W. Williams, and Yan Cui
PolymiRTS Database: linking polymorphisms in microRNA target sites with complex traits
Nucl. Acids Res. 2007 35: D51-D54
http://compbio.utmem.edu/miRSNP/
microRNAのターゲット遺伝子の結合サイトやmicroRNAのシード領域にSNPが挿入するとmiRNAcroの誤作動が生じる事例(Clop A., et al. 2006)が報告されているが、このDBは、そうしたmicroRNAのターゲット多型を予測・収集したデータベース。

Taishin Kin, Kouichirou Yamada, Goro Terai, Hiroaki Okida, Yasuhiko Yoshinari, Yukiteru Ono, Aya Kojima, Yuki Kimura, Takashi Komori, and Kiyoshi Asai
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
Nucl. Acids Res. 2007 35: D145-D148
http://www.ncrna.org/
非コード遺伝子(ncRNA)のデータベース。RNA二次構造やモチーフ、ESTサポートなど、さまざまな指標を利用して、アノテート/非アノテート転写物の絞込み検索が可能。

Molly Megraw, Praveen Sethupathy, Benoit Corda, and Artemis G. Hatzigeorgiou
miRGen: a database for the study of animal microRNA genomic organization and function
Nucl. Acids Res. 2007 35: D149-D155
http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen
アノテートされたmicroRNAとそのターゲット遺伝子(予測も含む)、およびmicroRNAクラスタをまとめたデータベース。

Maciej Szymanski, Volker A. Erdmann, and Jan Barciszewski
Noncoding RNAs database (ncRNAdb)
Nucl. Acids Res. 2007 35: D162-D164
http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/
これもncRNAを収集したデータベース。

Ken C. Pang, Stuart Stephen, Marcel E. Dinger, Pär G. Engström, Boris Lenhard, and John S. Mattick
RNAdb 2.0—an expanded database of mammalian non-coding RNAs
Nucl. Acids Res. 2007 35: D178-D182
http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/
同上。

Jun Xie, Ming Zhang, Tao Zhou, Xia Hua, LiSha Tang, and Weilin Wu
Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs
Nucl. Acids Res. 2007 35: D183-D187
http://gene.fudan.sh.cn/snoRNAbase.nsf
snoRNA/scaRNAのデータベース。重いなぁ・・・と思ったら、Lotus Dominoかよ。

Paul Wei-Che Hsu, Li-Zen Lin, Sheng-Da Hsu, Justin Bo-Kai Hsu, and Hsien-Da Huang
ViTa: prediction of host microRNAs targets on viruses
Nucl. Acids Res. 2007 35: D381-D385
http://vita.mbc.nctu.edu.tw/
ウイルスのmicroRNAとホストのターゲット遺伝子、およびホストmicroRNAとウイルスのターゲット遺伝子について、予測も含めて収集したデータベース。

Thomas Horn, Zeynep Arziman, Juerg Berger, and Michael Boutros
GenomeRNAi: a database for cell-based RNAi phenotypes
Nucl. Acids Res. 2007 35: D492-D497
http://rnai.dkfz.de/
RNAi実験による、Drosophilaの表現形データベース。


2007-01-05

_ [photo][K100D][TAMRON SP AF90mm] タムロンSP AF90mm マクロ 試写

TAMRON SP AF90mm F/2.8 Di MACRO 1:1 (272E) を入手いたしましたので、早速、試写レポート。

K100Dへの装着の図。キットレンズよりも、若干長めです。

まずは、手近にあったウイスキーのラベルを接写。

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/250sec, F4.5, ISO800)

アイトロン(蛍光数字表示電子管)

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/250sec, F4.5, ISO800)

これはKT88(Sovtek)と呼ばれる真空管。

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/150sec, F4.5, ISO800)

同じく12AX7/ECC83(Classic Components)。

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/150sec, F4.5, ISO800)

真空管勢ぞろいの図。

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/180sec, F3.5, ISO800)

まだ使い慣れないけど、ボケがキレイだな〜。花が咲き始める春先が楽しみだ。

TAMRON SP AF90 F2.8 Di マクロ 1:1 272E ペンタックスAF用 272EP

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2007-01-08

_ [photo][K100D][DA18-55mm] 時の鐘、喜多院@川越

連休中に、ちょっと川越まで足をのばしてみました。

試し撮りのカバ?さん。

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/250sec, F8.0, ISO800)

埼玉りそな銀行川越支店。国の登録有形文化財に指定されているらしい。

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/250sec, F22, ISO800)

川越のシンボル、時の鐘。1日に4回鳴らされている。

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/90sec, F32, ISO800)

喜多院の五百羅漢。天明2年(1782)から約50年をかけてるくられたものとか。

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/90sec, F4.5, ISO800)

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/125sec, F4.5, ISO800)

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/125sec, F5.6, ISO800)

(PENTAX K100D + smc DA 18-55mm, 1/125sec, F11, ISO800)

本当は蔵の街などもゆっくりと見て廻りたかったのですが、当日は風が強く、喜多院にしても初詣の参拝客であふれていましたので、早めに退散しちまいました。


2007-01-11

_ [bio] PubMedを携帯で検索する

携帯電話でPubMed検索できたら・・・なんて思っていたら、NLMがモバイル向けのページも作ってました。

http://pubmedhh.nlm.nih.gov/nlm/pubmed/

ただ、どっちかというとPalmなどのPDA向けに作られているので、携帯ブラウザ(au/W31CA)で見るのは、ちょっとツライ・・・。


2007-01-16

_ [photo][K100D][TAMRON SP AF90mm] PENTAXオリジナルZippoライター II

タバコも吸わないのに、ペンタックスのオンラインショップでZIPPOライター買っちまったw

ZIPPOハンディーウォーマーの点火用に使う予定。

しっかし、被写体深度浅っ!

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/125sec, F2.8, ISO800)

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/30sec, F5.6, ISO800)

シリアルナンバー「036/200」

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/350sec, F5.6, ISO800)

復刻ペーパーケース

(PENTAX K100D + TAMRON 90mm Macro, 1/180sec, F5.6, ISO800)


2007-01-18

_ [linux][log] Baiduspiderを出入り禁止に

自宅鯖のapacheログを見ていたら、"Baiduspider+(+http://www.baidu.com/search/spider_jp.html)"とゆー、なにやら見慣れないUser-Agentが、ものすごい勢いでアクセスしてきている。試しに直近のログ(1/14〜1/18)を集計してみたのだが、"Googlebot"が3093件なのに対し、"Baiduspider"は11715件と、Googlebotの4倍近いアクセス頻度なのだ。

何じゃこれ?と思ってググってみたところ、どうやら中国の検索サイト「百度(バイドゥ)」のロボットらしい。

中国のグーグル「百度(バイドゥ)」の実力【前編】 インターネット-中国IT最前線(肖 宇生):IT-PLUS

中国のグーグル「百度(バイドゥ)」の実力【後編】 インターネット-中国IT最前線(肖 宇生):IT-PLUS

それほど負荷はかかっていないはずなのに、時々、Webサーバが重くなったり、突然、応答しなくなったりする事態が多発していたのだけど、もしかしたらコイツのせいかもしれない。

早速、下記サイトを参考に、robots.txtおよびhttpd.confの設定を行い、Baiduspiderを出入り禁止にしてみた。

ふと思う--ちょっと考える (いたずら編): Baiduspiderを出入り禁止にする

Courantの日記 - Baiduspiderがやってきた

これで、ちょっと様子を見てみよう。

_ [linux][munin] Muninを入れてみた

Muninとは、マシンの負荷やトラフィックを簡単にグラフ化できるツール。似たものとして「MRTG」があるけど、インストール&設定は、はるかに楽だ。

http://munin.projects.linpro.no/

Fedora Coreならば、yumからインストール可能。

$ su
# yum -y munin munin-node    # ツールのインストール
# chkconfig munin-node on    # マシン起動時にonになるように設定
# /etc/init.d/munin-node start  # デーモンのスタート
Starting Munin Node:                                       [  OK  ]

起動後、“http://localhost/munin”にアクセス。しばらく待つと、グラフが描き出されてきます。

表示例→http://tetralog.in/munin/

[参考] MRTGよりお手軽に負荷やトラフィックをグラフ化できる「Munin」 - GIGAZINE


2007-01-19

_ [linux][munin] muninでHDDの温度をグラフ化してみよう!

前回に引き続き、muninの話題。

muninでHDD温度のグラフ化にチャレンジしてみた。方法は、hddtempを使う方法とSMARTを使う方法があるが、ここではhddtempを使う方法を紹介する。

hddtempがインストールされているならば、rootから次のようにコマンドを入れると、

# hddtemp /dev/hda
/dev/hda: Maxtor 6Y160P0: 31°C

のように、HDDのタイプとその温度が表示されるはず。

もし、表示されなかったらインストールされていないので、Fedora Coreならば、

# yum -y install hddtemp

と入れておく。

次に、muninのプラグインのインストール。

プラグインはすべて、"/usr/share/munin/plugins"に入っているので、必要なプラグインについては"/etc/munin/plugins"へシンボリックリンクをはる。

# ln -s /usr/share/munin/plugins/hddtemp /etc/munin/plugins/

hddtempの実行ユーザー名と監視対象のドライブ名を設定ファイルに書き込む。

# vi /etc/munin/plugin-conf.d/munin-node

上記のファイルの最後のほうに、

[hddtemp]
user root
env.drives hda

と書き込み終わったら、設定ファイルをリロード。

#  /etc/init.d/munin-node restart
Stopping Munin Node agents: [  OK  ]
Starting Munin Node: [  OK  ]

しばらく経つと、hddtempの項目が自動で作成されてグラフが描き出され始めるハズだ。

表示例→http://tetralog.in/munin/in/tetralog.in-hddtemp.html

MRTGを使うより、ずっと楽だな・・・・

_ [linux][log] Baiduspiderその後

ここ3日間のrobotアクセスログを集計してみた。

robot name17/Jan18/Jan19/Jan
msnbot9191649444
Googlebot737740656
Baiduspider262640292003

ちょwwwそれ、DoS攻撃と違う?wwwww

Baiduspider様は、昨日、お引取り設定をした後もご訪問を続けていたらしく、error_logに膨大なお足跡を残していらっしゃいましたが、本日は午前11時頃にいらしたのを最後に、ご訪問も途絶えた様子でございます。

本日のツッコミ(全3件) [ツッコミを入れる]

_ TeetteWeilymn [Lofty bye, sweet chum :)]

_ garabuggila [Honourable bye, sentimental chum :)]

_ shashyRex [Good bye, considerate friend :)]


2007-01-25

_ [linux][log] Baiduspider迎撃法

前回前々回で、中国の検索サイト「百度(Baidu)」の出入禁止措置について書いた。

ところがその直後の2日間、なんとアクセス件数が倍増!1日に5000件ものリクエストが・・・ドヒェ〜〜!(汗)

ログをよく読むと、しっかりapacheは403で弾いているのだが、その間、リクエストの信号によって回線が占有されているわけであり、なんとも由々しき事態と言える。

そこで、もっと攻撃的・・・いや、相手に「嫌だよ」とゆーメッセージを送るために、BaiduspiderのIPアドレスへ『オウム返し』する設定にしてみた。

SetEnvIf User-Agent "Baiduspider" robots
SetEnvIf User-Agent "Baiduspider+" robots
<Directory />
    Options FollowSymLinks
    AllowOverride All
    <Files *>
        Order allow,deny
        Allow from all
        Deny from env=robots
        ErrorDocument 404 http://60.28.XX.XX/ ← BaiduspiderのIPアドレス
    </Files>
</Directory>

これで、Baiduspiderが立て続けにアクセスしてた場合、オウム返しに相手のサーバへリダイレクトされるハズである・・・まっ、相手側がルーターで弾いていたりしたら、無駄な措置かも知れんけど。

参考:ミケネコの htaccess リファレンス