2007-01-04
_ [bio][database][RNA] Nucl. Acids Res. Database issue 2007
毎年恒例のヤツが出てますね。
http://nar.oxfordjournals.org/content/vol35/suppl_1/
例によって、アレゲ関連だけピックアップ。
Lei Bao, Mi Zhou, Ligang Wu, Lu Lu, Dan Goldowitz, Robert W. Williams, and Yan Cui
PolymiRTS Database: linking polymorphisms in microRNA target sites with complex traits
Nucl. Acids Res. 2007 35: D51-D54
http://compbio.utmem.edu/miRSNP/
microRNAのターゲット遺伝子の結合サイトやmicroRNAのシード領域にSNPが挿入するとmiRNAcroの誤作動が生じる事例(Clop A., et al. 2006)が報告されているが、このDBは、そうしたmicroRNAのターゲット多型を予測・収集したデータベース。
Taishin Kin, Kouichirou Yamada, Goro Terai, Hiroaki Okida, Yasuhiko Yoshinari, Yukiteru Ono, Aya Kojima, Yuki Kimura, Takashi Komori, and Kiyoshi Asai
fRNAdb: a platform for mining/annotating functional RNA candidates from non-coding RNA sequences
Nucl. Acids Res. 2007 35: D145-D148
http://www.ncrna.org/
非コード遺伝子(ncRNA)のデータベース。RNA二次構造やモチーフ、ESTサポートなど、さまざまな指標を利用して、アノテート/非アノテート転写物の絞込み検索が可能。
Molly Megraw, Praveen Sethupathy, Benoit Corda, and Artemis G. Hatzigeorgiou
miRGen: a database for the study of animal microRNA genomic organization and function
Nucl. Acids Res. 2007 35: D149-D155
http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen
アノテートされたmicroRNAとそのターゲット遺伝子（予測も含む）、およびmicroRNAクラスタをまとめたデータベース。
Maciej Szymanski, Volker A. Erdmann, and Jan Barciszewski
Noncoding RNAs database (ncRNAdb)
Nucl. Acids Res. 2007 35: D162-D164
http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/
これもncRNAを収集したデータベース。
Ken C. Pang, Stuart Stephen, Marcel E. Dinger, Pär G. Engström, Boris Lenhard, and John S. Mattick
RNAdb 2.0—an expanded database of mammalian non-coding RNAs
Nucl. Acids Res. 2007 35: D178-D182
http://research.imb.uq.edu.au/rnadb/
同上。
Jun Xie, Ming Zhang, Tao Zhou, Xia Hua, LiSha Tang, and Weilin Wu
Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs
Nucl. Acids Res. 2007 35: D183-D187
http://gene.fudan.sh.cn/snoRNAbase.nsf
snoRNA/scaRNAのデータベース。重いなぁ・・・と思ったら、Lotus Dominoかよ。
Paul Wei-Che Hsu, Li-Zen Lin, Sheng-Da Hsu, Justin Bo-Kai Hsu, and Hsien-Da Huang
ViTa: prediction of host microRNAs targets on viruses
Nucl. Acids Res. 2007 35: D381-D385
http://vita.mbc.nctu.edu.tw/
ウイルスのmicroRNAとホストのターゲット遺伝子、およびホストmicroRNAとウイルスのターゲット遺伝子について、予測も含めて収集したデータベース。
Thomas Horn, Zeynep Arziman, Juerg Berger, and Michael Boutros
GenomeRNAi: a database for cell-based RNAi phenotypes
Nucl. Acids Res. 2007 35: D492-D497
http://rnai.dkfz.de/
RNAi実験による、Drosophilaの表現形データベース。