tetraの外部記憶箱

_ [bio][database] Nucleic Acids Research Database issue 2009

今年も出ましたNARのDB issue→http://nar.oxfordjournals.org/content/vol37/suppl_1/

独断と偏見により、気になったものだけピックアップ。

BPS: a database of RNA base-pair structures

Yurong Xin and Wilma K. Olson

URL:http://bps.rutgers.edu

RNA塩基対のカタログみたいなデータベース。Watson–Crick塩基対、non-Watson–Crick塩基対の他にも、I:C塩基対、Triplet（三重鎖）、Quadruplet（四重鎖）などが体系的に分類されている。なんてマニアックなんだｗｗｗｗ

miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease

Qinghua Jiang, Yadong Wang, Yangyang Hao, Liran Juan, Mingxiang Teng, Xinjun Zhang, Meimei Li, Guohua Wang and Yunlong Liu

URL:http://www.mir2disease.org/

miRNAと疾患との関係を収録したデータベース。サーバは中国の哈爾濱工業大学。こういうのって、ちゃんとアップデートして言ってくれるのか微妙なんだよね〜。

miRecords: an integrated resource for microRNA–target interactions

Feifei Xiao, Zhixiang Zuo, Guoshuai Cai, Shuli Kang, Xiaolian Gao and Tongbin Li

URL:http://mirecords.umn.edu/miRecords

miRNAのターゲットデータベース。Validated TargetsとPredicted Targetsを収録。正直、この手のDBはあまり新味が無いなぁ・・・

miROrtho: computational survey of microRNA genes

Daniel Gerlach, Evgenia V. Kriventseva, Nazim Rahman, Charles E. Vejnar and Evgeny M. Zdobnov

URL:http://cegg.unige.ch/mirortho

SVMを使って探してきた、miRNA候補遺伝子のカタログ。

siRecords: a database of mammalian RNAi experiments and efficacies

Yongliang Ren, Wuming Gong, Haiyan Zhou, Yejun Wang, Feifei Xiao and Tongbin Li

URL:http://sirecords.umn.edu/siRecords

こっちは、論文既知なsiRNA配列データベース。

The HuRef Browser: a web resource for individual human genomics

Nelson Axelrod, Yuan Lin, Pauline C. Ng, Timothy B. Stockwell, Jonathan Crabtree, Jiaqi Huang, Ewen Kirkness, Robert L. Strausberg, Marvin E. Frazier, J. Craig Venter, Saul Kravitz and Samuel Levy

URL:http://huref.jcvi.org/

毎度お騒がせ研究者・Craig Venter氏一個人の遺伝子情報を載せたゲノムブラウザ！！究極の露出狂だヨｗ