tetraの外部記憶箱

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2012-04-03

_ [bioinfo][circos] ideogramのレイアウトについて(その2)

前回は、染色体同士の間隔を決めるパラメータについて解説しました。今回は、染色体そのものの表示(スケール、並び方等)を決めるパラメータについて解説します。(学習コースのセクション2/レッスン3~6)

特に指定が無い場合、表示される染色体は物理的な大きさに従って表示されるが、circos.confの中でchromosomes_scaleというパラメータを設定することで、個々の染色体の大きさを変えることができる。例えば、

chromosomes_scale = chr1=0.5,chr2=2,chr3=10

と設定すると、下記のようにchr1は0.5倍、chr2は2倍、chr3は10倍のスケールで表示させることができる。

20120403150221

また、rを使って指定を行うと、個々の染色体が全体の何割を占めるのかという方法で指定を行う事も可能だ。(下記の例では、chr1が全円周の50%に拡大されて表示される)

chromosomes_scale = chr1=0.5r

20120403150224

次に、注目したい染色体のみを選んで表示する方法について。

chromosomes_display_defaultというパラメータがyesの場合は読み込まれた全ての染色体が表示される。下記のように、このパラメータをnoに設定した上で、chromosomesというパラメータで表示させたい染色体を指定すると、その染色体のみを表示させることができる。

chromosomes_display_default  = no
chromosomes                  = chr1;chr2;chr3

20120403150219

また、並べられる染色体の順序は、chromosomes_orderというパラメータによって変更することが可能だ。例えば、

chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
chromosomes_order = chr1,chr2,chr5,chr4,chr3

とすると、下記のように並び方を変えることができる。

20120403150220

一部のみの順序を変えたい場合は、下記のように指定すれば良い。

chromosomes_order = chr3,chr5

この場合は、chr3に続いてchr5が来て、その後に残りの染色体が並ぶ。

20120403150222

chromosomes_order = chr1,chr4,-,chr3,chr5

この場合は、chr1の次にchr4が来た後、順序どおりに戻り(chr2が来る)、chr3の直後にchr5が続く。

20120403150225

更に、染色体の特定の領域だけ見せたい時は、下記のように指定する。

chromosomes = chr3=8-12;chr4=4-11;chr5=9-21

chromosomes_units = 1000000(1 Mb)で合った場合、chr3は8~12 Mbの領域が、chr4は4~11 Mbの領域が、chr5は9~21 Mbの領域が表示される事になる。

20120403150223


2012-04-05

_ [BESSA R2A][M-Rokkor 40mm F2.0] 某大口径レンズ売却

MINOLTA(ミノルタ)のカメラ ライツミノルタ CLで撮影した人物(無題)の写真(画像)

(Fuji NEOPAN 400)

NOKTON 50mm F1.1を売却し、代わりにCarl Zeiss C Sonnar T* 50mm F1.5を入手。だって、ノクトン重すぎるのだもの・・・。しかし、どーもレンズシェードが品薄らしいので、とりあえず、口径が同じであるBiogon 28mmのシェードと保護フィルターをかぶせてみた。さて、どんな絵を見せてくれますかなぁ。